胃镜的检查并不能发现幽门螺旋杆菌，但在胃镜下行活检病理检查可以发现。
胃镜的检查是通过特殊的检查设备，将胃内的影像反射到屏幕，医生通过观察来发现胃内的病变，这样的检查也属于肉眼的观察，并不能发现幽门螺旋杆菌。
但是，如果患者在行胃镜检查的同时做了活检病理检查，病理科的医生可以通过显微镜的观察发现取出的病变组织是否有幽门螺旋杆菌的感染，也可以证明患者是否被感染。
检测幽门螺旋杆菌最为常用的、简单方便的方式为碳13呼气检查和碳14呼气检查。
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