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肠道病毒为单股正链小RNA病毒，基因长度7.4kb，呈20面体﹐直径24～30nm，包括脊髓灰质炎病毒（1、2、3型）、柯萨奇病毒（Coxsackievirus，A组包括1~22、24型，B组包括1~6型）、人类致肠细胞病变孤儿病毒（ECHO，简称埃可病毒，包括1~9、11~21、24~27、29~33型）及新肠道病毒（1969年后分离到的，包括68~72型）等。1970年国际病毒命名委员会将这些病毒归属于微小核糖核酸病毒科的肠道病毒属。
肠道病毒通常寄生在肠道内生长繁殖，但一般不引起疾病。90%以上肠道病毒感染为隐性感染或只出现轻微的上呼吸道感染或流感样症状，临床表现为倦怠﹑乏力﹑低热等；重症患者可累及全身各个系统，造成脑﹑脊髓﹑心脏﹑肝脏等重要器官受损，预后差，危重患者可造成死亡。肠道病毒在全球广泛流行，传染性强，并且季节特点明显，夏秋季为主要流行时期。在卫生条件差﹑人群拥挤的地区发病率高，易在家庭及集体机构中散布，且每年流行的病毒型常有改变。肠道病毒主要从粪便排出，持续1～18周；也可从咽部排出，约持续3周。患者脑脊液、血液、胸腔积液、皮疹疱浆、骨髓、唾液及尿中均可分离出病毒。肠道病毒传播途径：粪-口途径为主要传播路径，此外可经呼吸道、被污染食品、衣服、用具等传播，也可经胎盘或生产时由母体传染给胎儿。
目前除脊髓灰质炎和肠道病毒71型外，尚无疫苗可供预防，是当前严重影响人类健康的重要病原之一。据国家CDC法定传染病报告统计（大陆地区，下同）网站公布的数据（见表1），按甲乙类传染病传播途径，自2011年以来肠道传染病发病例数连续六年居于榜首。
表1国家CDC法定传染病报告统计（来自国家CDC网站）
肠道病毒感染在儿童时期尤为多见。其中柯萨奇病毒、埃可病毒识别的受体在组织和细胞中分布广泛，包括中枢神经系统、心、肺、胰、粘膜、皮肤和其它系统，因而引起的疾病谱复杂，如呼吸道感染、散发/爆发性脑膜炎、脑炎、心肌炎、心包炎、手足口病、疱疹性咽峡炎、婴儿腹泻、流行性胸痛、发热、出疹性疾病、散发性脊髓灰质炎麻痹症以及流行性急性眼结膜炎等（详见表2）。
表2肠道病毒型别及其引起的常见疾病
目前常用的检测肠道病毒的方法有病毒分离培养、血清学检查、分子生物学方法等。肠道病毒潜伏期的后一阶段或前驱期，至1周左右，可自咽洗液或咽拭子中分离出病毒；自粪便或肛拭子中分离出病毒的时期可达2周至1个月；抗体IgM自病程第1周起迅速上升，可从血中检出，而于3~4周内下降或消失。由于健康人尤其小儿粪便带病毒率较高（5%～50%），另外，也有部分病毒经呼吸道进入人体仅引起上呼吸道感染而局限于呼吸道黏膜表面，并随着呼吸道分泌物而排出，粪便中无病毒，因此在诊断肠道病毒感染时，除粪便病毒分离外，应同时有血清免疫学方面的证据。肠道病毒在形态、结构、基因组、理化性状及抗原性方面都非常相似，因而肠道病毒各型别之间血清学交叉反应较强，故血清学检测通常无需采用分型别检测。通过抗体检测可排除或初步诊断是否为肠道病毒感染，如需分型检测，可进一步采用其他方法学确认。
肠道病毒抗体检测可用于辅助诊断如下临床疾病。
呼吸系统感染
传统观念认为肠道病毒只引起轻微的上呼吸道感染，而且由于以往传统检测方法的繁琐、敏感性差等原因，致使其在呼吸道感染中的作用被低估，且在儿科呼吸系统疾病方面还缺乏足够的研究。国外研究显示，在病毒所致的小儿急性呼吸道感染（acuterespiratoryinfection，ARI）中，肠道病毒引起者可占10%～25%，是仅次于呼吸道合胞病毒和流感病毒等的常见病原体。2007年伏瑾等对北京地区儿童急性呼吸道感染与肠道病毒关系的研究中，402例呼吸道感染儿童样本中，肠道病毒阳性率为17.4%（70/402），其中上呼吸道感染中肠道病毒阳性率为15.9%（10/63），下呼吸道为17.7%（60/339），阳性率最高月份达到36.1%。柯萨奇病毒及埃可病毒皆可引起上呼吸道感染。
柯萨奇病毒、埃可病毒及新肠道病毒68型可通过粪-口传染或上呼吸道病毒感染向下蔓延引起肺炎，多见于儿童。CoxB3型病毒可引起成人支气管肺炎。病毒性肺炎除通过胸片、血常规检查、血气分析外，实验室检测方法包括病毒分离（培养、核酸检测）及血清学检查。
目前柯萨奇病毒及埃可病毒培养较难，且对于婴幼儿，咽拭子或咽洗液的采样方式较难开展，不易常规开展；绝大多数肠道病毒核酸检测产品因对环境及人员操作要求高，并未普及使用；而急性期和恢复期的双份血清、补体结合试验、中和试验或血清抑制试验抗体滴度增高4倍或以上有确诊意义；使用血清检测病毒特异性IgM抗体，如免疫荧光法、酶联免疫吸附试验等，有助于早期诊断。
手足口病
手足口病（hand-foot-mouthsyndrome）是由多种肠道病毒引起的常见传染病，主要见于5岁以下的小儿，年长儿和成人少见。大多数患者症状轻微，以发热和手、足、口腔等部位出现皮疹或疱疹为主要特征；少数可并发无菌性脑膜炎、脑炎、急性弛缓性麻痹、呼吸道感染、心肌炎等，个别重症患儿病情进展快，易发生死亡。少年儿童和成人感染后多不发病，但能传播病毒。引起手足口病的肠道病毒包括肠道病毒71型、柯萨奇病毒及埃可病毒的某些血清型。近年来，手足口病发病率显著升高，并呈现季节性流行和全年散发趋势。据国家CDC法定传染病报告统计网站公布的自2010年以来的数据，手足口病一直居于丙类传染病之首，其次为其它感染性腹泻病、流行性感冒、流行性腮腺炎和急性出血性结膜炎，占丙类传染病报告发病总数的98.49~99.72%，报告死亡数较多的为手足口病、其他感染性腹泻病和流行性感冒，占丙类传染病报告死亡总数的97.50~98.66%。
手足口病的实验室检查方法包括血常规检查、病毒分离、血清学检查及核酸检测。其中病毒分离是确定手足口病病原的金标准，血清学检测是目前手足口病病原体诊断的常用方法。
据卫生部《手足口病预防控制指南》（2009年版，国家CDC网站发布版本），提到引起手足口病的病毒属于小RNA病毒科肠道病毒属，包括柯萨奇病毒A组（CoxA）的2、4、5、7、9、10、16型等，B组（CoxB）的1、2、3、4、5型等，肠道病毒71型（EV71），埃可病毒（ECHO）等。建议临床诊断病例符合下列条件之一，可诊断为实验室确诊病例：
（1）病毒分离：自咽拭子或咽喉洗液、粪便或肛拭子、脑脊液、疱疹液、血清以及脑、肺、脾、淋巴结等组织标本中分离到人肠道病毒（指有明确证据表明可以导致手足口病的人肠道病毒）。
（2）核酸检验：自咽拭子或咽喉洗液、粪便或肛拭子等标本中检测到CA16或EV71特异性核酸，或从脑脊液、疱疹液、血清以及脑、肺、脾、淋巴结等组织标本等标本中检测到人肠道病毒（指有明确证据表明可以导致手足口病的人肠道病毒）的特异性核酸。
（3）血清学检验：血清标本人肠道病毒型特异性中和抗体滴度≥1:256，或急性期与恢复期血清肠道病毒特异性中和抗体有4倍或4倍以上的升高。
肠道病毒性腹泻
肠道病毒性腹泻主要见于婴幼儿，多发于夏季，因此称为婴儿腹泻或夏季腹泻，临床上以腹泻、恶心、呕吐为特征，部分病人可只有恶心。本病可以散发，也可出现局限性爆发和流行，传染源为病人与健康带病毒者，主要通过日常生活接触传播。有报道医院的婴儿室中有过爆发，由同一名护士携带埃可病毒，在一周内导致12名婴儿发病。因而当婴幼儿爆发腹泻，如不能检出肠道病菌时，应考虑肠道病毒的可能。
疱疹性咽颊炎
疱疹性咽峡炎（herpangina）是由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹溃疡为特征的急性传染性咽颊炎，临床以发热、咽痛、咽峡部黏膜小疱疹和浅表溃疡为主要表现。本病主要侵犯1～7岁小儿，为自限性疾病，一般病程4～6日，重者可至2周，传染性很强，传播快，遍及世界各地，呈散发或流行，夏秋季为高发季节。同一患儿可重复多次发生本病，系不同型病毒引起。柯萨奇病毒A组、B组，埃可病毒及新肠道病毒70型皆可引起此病。
疱疹性口炎和疱疹性咽峡炎均表现为口腔的疱疹和溃疡，且伴随症状亦有相似性，而治疗的措施及预后则存在较大差异，因此疱疹性咽峡炎需要与疱疹性口炎鉴别诊断。夏蝉等从实验室检测方法学的操作及性能方面综合考量，建议选择血清学检测特异性抗体IgM快速确定病原体大的类别，以指导治疗，如需进一步明确病原体或病毒型别，可再进行PCR检测。
心肌炎、心包炎
所有柯萨奇病毒B组病毒及部分A组病毒均可引起本病。柯萨奇病毒B组2~5型约占散发性心肌心包炎病例数的1/3~1/2以及流行性病例的全部。柯萨奇病毒单纯引起心包炎而无心肌病理改变者罕见。临床上年长儿和成人可出现偏重于心肌炎的表现，而新生儿和婴幼儿多出现偏重于心包炎的表现。
病毒型心肌炎（viralmyocarditis，VMC）的确诊相当困难，国际上至今尚无统一标准。现阶段国内VMC诊断参考1999年《成人急性VMC诊断参考标准》：病史体征、心电图改变及心肌损伤中任何两项阳性，在排除其他原因心肌疾病后，临床上可诊断为急性VMC；如抗病毒抗体和病毒特异性IgM阳性，在病原学上只能拟诊为急性VMC；如心肌活检检测出病毒、病毒基因片段或病毒蛋白抗原，从病原学上则可确诊为急性VMC。
徐佩茹等对急性心肌炎患儿及健康儿童血清进行CoxB-IgM检测的研究提示，在临床上存在心肌炎症或心肌损伤时，测定CoxB-IgM具有早期病原学诊断意义；另对VMC（含心肌炎及疑似心肌炎）及非心肌炎患儿进行CoxB-IgM检测，提示VMC患儿测定CoxB-IgM对早期诊断以及远期的追踪均具有病原学上的指导意义。
无菌性脑膜炎
肠道病毒是无菌性脑膜炎最常见的病原体，约90%无菌性脑膜炎由肠道病毒引起，其中尤以柯萨奇病毒占主要地位。在温带，肠道病毒引起的脑膜炎好发于夏季；在热带，则呈地方性全年发病，多见于青少年和儿童，特别是1岁以下婴儿。
脑脊液检查对无菌性脑膜炎的诊断具有重要参考意义，但需要与其他病原体引起的脑膜炎加以鉴别，如流行性腮腺炎病毒型脑膜炎、结核性脑膜炎、流行性脑膜炎等。
脑炎
柯萨奇病毒、埃可病毒、新肠道病毒70及71型皆可引起脑炎。在确诊为病毒引起的脑炎中，肠道病毒占11~22%，位于虫媒病毒、单纯疱疹病毒和淋巴脉络丛脑膜炎病毒之后。大多数度过新生儿阶段的患者能恢复健康，少数会发展为后遗症，只有个别死亡病例。
该病诊断时，需与其他病毒性脑炎相鉴别，如乙型脑炎、散发性病毒性脑炎等。
流行性肌痛
流行性肌痛又称流行性胸痛或Bornholm病，主要由柯萨奇病毒及埃可病毒感染引起，好发于夏秋季，呈散发性发病，偶尔导致较大的流行。多见于青少年及年长儿童，肌痛可累及全身肌肉，以胸部为最多见，其中膈肌尤易受累，其次为腹部。
新生儿严重感染
柯萨奇病毒及埃可病毒可由母亲胎盘传染给胎儿，也可在分娩时经母亲宫颈分泌物或产道血液传染给新生儿，部分医源性传染源也可导致新生儿感染，如护理人员和医疗用具。新生儿受感染后，其某些脏器对肠道病毒的易感性比成年人高。此外，新生儿的免疫应答还不足以抑制病毒的复制。多数严重的新生儿柯萨奇病毒感染发生于出生后3~7天，少数病例发生于出生后第1~2天。
最可靠的诊断方法是进行病毒分离，也可采用血清学方法进行诊断。临床上新生儿病毒型心肌炎需与先天性心脏病鉴别诊断。
此外，肠道病毒还可引起瘫痪性疾病、不明原因的发热、出疹性疾病、肝炎、急性出血性结膜炎等。由于肠道病毒可引发多种感染，并且发病以综合征出现，一种综合征可由不同病毒所引起，同一种病毒可以导致不同临床症状，某些综合征与其他病原体引起的综合征也多有相似，甚至与细菌性感染也可发生混淆，常导致不必要的抗生素使用。因此对致病病原体做出准确、及时的鉴别诊断以对症治疗，对于指导临床是非常必要的。