一文看懂遗传病基因检测报告

随着二代测序技术的进步以及对单基因遗传病认识的加深,遗传病基因检测在疾病诊断中扮演着越来越重要的角色。对于非专业人士如何看懂遗传基因检测报告呢?希望这篇内容能让大家对报告有初步了解。

阳性报告示例

阴性报告示例

报告主体内容包含:

结果说明:对检测到的基因变异的说明和致病性评级。

分析意见:实验室针对检测结果给出的初步结论和建议。

疾病信息:对于检出疾病临床特征的简要描述。

对于阳性结果,列表给出的信息有基因名称、染色体位置、变异信息、变异致病评级、频率、受检者及其父母的合子类型、对应疾病、遗传方式。

基因:发生变异的基因名称,基因是带有遗传信息的DNA片段。

染色体位置:根据GRCh37/hg19基因组版本对每个位置的编号,也是变异的绝对位置。具体写法为:chr染色体号:位置。

转录本:转录本是有一个基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的mRNA。由于不同转录本中对同一个位点的描述(包括核苷酸、氨基酸的位置)是不同的,所以会在报告中标注出核苷酸、氨基酸位置对应的是具体哪个转录本,方便变异位点的查找及核对。

外显子/内含子:基因由多个外显子内含子组成,只有外显子序列能够最终表达成蛋白质。exon代表外显子,IVS代表内含子,后面的编号是为了彼此区分和方便定位。

核苷酸改变/氨基酸改变:根据HGVS规则命名的核苷酸变化/氨基酸变化。核苷酸有A、T、C、G四种,原本有固定的排列顺序,如果第211号位置发生了突变,原本的A被C取代了,可以写作:c.211A>C。相应的氨基酸有20种,也有固定的排列,如果第78号位置丝氨酸(S)被酪氨酸(Y)取代了,可以写作:p.S78Y。

频率:指该位点在正常人数据库中的频率。通俗来说,正常人携带的频率越高,致病的可能性就越小。

致病性分析:指该变异根据ACMG指南*评级以后的致病性,ACMG指南根据不同证据,将变异划分为5个等级,分别为致病(Pathogenic)、可能致病(LikelyPathogenic)、意义未明(Uncertain)、可能良性(LikelyBenign)和良性(Benign)。

如果结果是Pathogenic或LikelyPathogenic,那么变异是致病性的可能性比较大;有时也会有变异为Uncertain,目前来看致病性证据不足,但是不能排除,需要根据临床进一步核实,LikelyBenign或Benign的位点一般不会放到报告中。

*注:ACMG指南为美国权威机构——美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)在2015年编写和发布的《ACMG遗传变异分类标准与指南》。该指南是多学科专家基于大量临床案例和丰富经验建立的,可以为分析受检者位点的致病性提供一定参考,但考虑到每个检测者的情况不同,所以不能作为最终临床判定致病性的结论,需要同时结合受检者的临床症状、遗传方式、家族史等方面综合判断。

合子类型:由于人类染色体为二倍体,也就是说携带的每个基因都有两份(性染色体除外),他们彼此间称作等位基因。

(1)如果两个等位基因相同位置存在相同变异,称为纯合;

(2)如果两个等位基因都发生了变异但在不同的位置,称为复合杂合;

(3)如果两个等位基因只有一个发生了变异,称为杂合。

(4)半合子是一种特殊情况,如男性的X染色体,没有等位基因,当男性X染色体基因发生改变称为半合子变异。

(5)野生型即为无基因变异。

遗传方式:常见的是常染色显性遗传、常染色体隐性遗传、X连锁显性遗传和X连锁隐性遗传等。

(1)常染色体显性遗传(AD):杂合变异可导致发病。患者父母其中之一通常是患者,且大多为杂合体,患者的同胞约有50%概率患病,且男女发病机会均等,患者的子女都有50%概率的发病风险。双亲无病时,子女患病风险低,但也存在新发变异。

(2)常染色体隐性遗传(AR):纯合或复合杂合变异可导致发病。在系谱中散发或隔代出现,患者是致病基因的纯合或复合杂合体,其父母不一定发病,但都是致病基因的携带者,患者的同胞约有25%概率患病,且男女发病机会均等。近亲结婚时,后代的发病率明显升高。

(3)X连锁显性遗传(XLD):女性杂合可导致发病,男性半合子导致发病。男性的发病率远高于女性,女性杂合子通常不发病,但由于受X失活的影响,相当部分女性杂合子可能表现出不同程度的表型。男性患者的致病基因只通过女儿往下传递,不存在传递给儿子致病基因的现象,儿子的致病基因只能来自于母亲。

(4)X连锁隐性遗传(XLR):男性半合子发病。类似于AD遗传模式,发病概率比较高,女性杂合子中的后代有50%概率患病,女性患者往往多于男性患者,但女性患者的表型较男性更轻。

对于阴性结果,也并不能完全排除受检者患遗传性疾病的可能,原因有

(1)检测方法的局限性,包括基因的特殊结构、高度同源的假基因、捕获-测序技术不能保证覆盖100%的外显子区域等;

(2)变异解读需要依据医生或患者提供的临床信息进行分析,如受检者年龄小,未表现出典型的临床症状;

(3)同时受制于文献和数据库的及时性、疾病复杂程度,以及疾病致病基因科学研究发展的限制等。

THE END
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