ORF的英文展开是openreadingframe（开放阅读框）。
CDS的英文展开是codingsequences（编码区）。
CDS：DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应.
ORF：理论上的氨基酸编码区，一般是在分析DNA核酸图谱中（主要是利用电脑程序）得到的。程序会自动在DNA序列中寻找启动因子（ATG或AUG），然后按每3个核酸一组，一直延伸寻找下去，直到碰到终止因子（TAA或TAG）。程序把这个区域当成ORF区，认为理论上可以编码一组氨基酸。
但问题是，在一个整体核酸序列中寻找ATG并不靠谱。因为寻找到的ATG很可能是两个氨基酸编码片段的尾和头的混合体。比如AACGCATGCAGC.
看上面这个小序列，如果以T为中心，会有三种编码组合的可能。即
（1）ATG（T在中心）电脑程序发现的启动因子的组合
（2）CAT（T在最右侧）
（3）TGC（T在最左侧）本例中实际核酸编码的组合。
所以，我们说ORF只是理论上的编码区，与真实的情景可能并不一样。
而CDS是检查cDNA后得到的编码组合序列，和实际情景比较接近。
启动子与起始密码子、终止子与终止密码子有何区别？启动子与起始密码子、终止子与终止密码子看起来似乎差不多，实际上却是两组截然不同的概念，根本就没有共同点。
简单地说，启动子和终止子都是一段特殊的DNA序列，属于基因的非编码区，分别位于编码区的上游和下游，负责调控基因的转录。而起始密码子和终止密码子都是mRNA上的三联体碱基序列，分别决定翻译的起始和终止。启动子——DNA分子上能与RNA聚合酶结合并形成转录起始复合体的区域，在许多情况下，还包括促进这一过程的调节蛋白的结合位点。
强启动子（strongpromoter），指对RNA聚合酶有很高亲和力的启动子，它能指导合成大量的mRNA。起始密码子——蛋白质翻译过程中被核糖体识别并与起始tRNA(原核生物为甲酰甲硫氨酸tRNA，真核生物是甲硫氨酸tRNA)结合而作为肽链起始合成的信使核糖核酸(mRNA)三联体碱基序列。大部分情况下为AUG，原核生物中有时为GUG等。终止子——转录过程中能够终止RNA聚合酶转录的DNA序列。使RNA合成终止。终止密码子——蛋白质翻译过程中终止肽链合成的信使核糖核酸(mRNA)的三联体碱基序列。一般情况下为UAA、UAG和UGA，它们不编码氨基酸。
转录因子的结合位点（transcriptionfactorbindingsite，TFBS）是转录因子调节基因表达时，与基因模板链结合的区域。按照常识，转录因子（transcriptionfactor，TF）的结合位点一般应该分布在基因的前端，但是，新的研究发现，人21和22号染色体上，只有22%的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5'端。
UTR（UntranslatedRegions)即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。
5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的前端。