医院为治疗各类患者，会按照疾病和身体异常情况进行分科分流。常见的分科室包括急诊部、门诊部、住院部和支持部门。
急诊部门负责为情况紧急的患者提供服务，处理一些紧急病情的患者。
门诊部门主要负责治疗本身疾病并不紧急，不需要住院进行治疗的患者。门诊部会依照各种疾病分科室，如口腔科、神经科、体检科、男科、内科、外科、眼科、皮肤科、妇科、中医针灸等。
住院部门是为需要住院治疗的患者提供服务的地方。住院部也会根据各种疾病进行分科室。
支持部门包括药房、放射科、记录处等，为医院的正常运作提供支持。
我国是最早设置医院的国家之一。远在西汉年间，黄河一带瘟疫流行，汉武帝刘彻就在各地设置医治场所，配备医生、药物，免费给百姓治病。
汉平帝元始二年（公元2年），“民疾疫者，舍空邸第，为置医药”，类似如今的隔离医院。北魏太和二十一年（公元497年），孝文帝曾在洛阳设“别坊”，供百姓就医用。隋代有“病人坊”，收容麻疯病人。唐开元二十二年（公元734年），设有“患坊”，布及长安、洛阳等地，还有悲日院，将理院等机构，收容贫穷的残疾人和乞丐等。
普遍认为，世界上最早的西医医院在苏格兰中部的伊持图塞尔，这座医院建于罗马军占领时代，已有2000年历史。医院建筑物长100米、宽70米，地下有完善的下水道系统，一间间病房以走廊相连，这表示当时的建筑师已知道隔离传染病患者的重要性。
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