一、税务机关对于医药企业的税收征管动向
1.税务机关等政府部门的公开文件与税收征管动向
全国层面
文件名称与文号
关于印发《2020年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点》的通知（国卫医函〔2020〕192号）
三、巩固医药流通领域改革成效：对发现的医药生产流通领域虚开发票、偷逃税等涉税违法犯罪行为依法查处。
关于印发《2021年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点》的通知（国卫医函〔2021〕85号）
八、加大不正之风案件联合惩戒力度：对纠风工作中发现的医商勾结、利益输送、商业贿赂、虚开发票、偷逃税款等违法行为及问题线索要严查快结。
关于印发《2022年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点》的通知（国卫医函〔2022〕84号）
四、严厉打击医药购销领域非法利益链条（十）探索建立长效监管机制：对纠风工作中发现的虚开发票、偷逃税款等违法线索及时移交税务部门进行核查检查。
地方层面
浙江省：国家税务总局浙江省税务局于2021年发布了《国家税务总局浙江省税务局2021年度配合推进清廉医院建设工作方案》（浙税办发〔2021〕22号）。浙江省杭州、金华等多地的税务机关稽查局对其辖区内的医药生产流通企业进行了随机抽查。以金华市税务局的执法流程为例，这些被抽查的企业，或采取自查申报的方式为主，是否采取重点检查视情况再做决定；或直接被稽查局立案重点检查。1
海南省：国家税务总局海南省税务局、海南省市场监督管理局联合开展了2021年医药及医疗器材批发行业“双随机一公开”抽查工作，随机抽取稽查对象组织全面自查。自查结束后根据企业自查情况，以风险为导向分析筛选部分重点检查对象进户检查。2
广西省：广西举行常态化打击虚开骗税违法犯罪工作新闻发布会于2022年8月25日举行。根据广西壮族自治区公安厅经侦总队在发布会上的介绍，2022年7月广西公安机关结合公安部部署的“百日专项行动”工作要求，联合广西税务部门开展了广西医疗行业虚开发票综合治理专项行动，全区共立涉及医疗行业虚开发票案20起，破20起，抓获犯罪嫌疑人102人，打掉团伙22个，捣毁窝点46个，涉及金额21亿元。3
2.重大税收违法案件
除了上述税务机关等政府部门公开文件与新闻报道，我们也在国家税务总局官方网站的《重大税收违法失信案件信息公布栏》4，对近三年医药企业较多的江浙沪地区的医药行业重大税收违法案件进行了检索5，检索结果如下：共计106项重大税收违法案件，按照违法性质事项的数量排序为：1）对外虚开增值税发票（包括让他人为自已开具与实际经营业务情况不符的增值税专用发票），共92项；2）采取偷税手段，不缴或者少缴应纳税款，共8项；3）非法取得增值税进项发票，共7项6。针对上述重大税收违法案件，税务机关作出的处理结果包括追缴税款、处以罚款、依法移送司法机关等。
综上可见，虚开发票、偷逃税等在医药行业发生的重大税收违法行为中较为常见，近年来也一直是国家、地方各层级税务机关针对医药行业的税收征管重点，且呈现了税务机关不断加强征管、加大违法行为打击力度的趋势。而未来在金税四期的大背景下，此类税收违法行为将在“以数治税”、“税银互通”等新征管手段下无处遁形，预期未来几年医药行业的税务征管也将趋广趋严。
二、“两票制”背景下医药企业的税务合规新挑战
虚开发票、偷逃税等税收违法行为之所以在医药行业屡见不鲜，在一定程度上也与我国医药行业的业务模式有关。近年来的医疗改革对医药行业持续产生着重大影响，尤其“两票制”对医药企业的业务模式与税务合规都产生了举足轻重的影响。
1.医疗改革推进“两票制”的历史背景与税务影响
在“两票制”推行之前，医药行业不乏药品流通环节多次过票的现象，即药品生产企业以较低价格销售给一级经销商，中间经过若干经销商的多次销售至终端客户（例如医疗机构）。这些层层加价、多次开票的药品流通环节，产生了相当可观的利润，背后可能被不正当地支付给在药品销售渠道中具有影响力的招标机构、医院负责人、医生、医药代表等，往往也可能涉及虚开发票、偷逃税等税收违法行为。上述税收违法行为多存在于下游的药品流通环节。而以药品生产企业为代表的医药企业，往往仅涉及上游的出厂环节，其向一级经销商销售药品一般具有真实交易的基础，税务合规风险较小。
为了解决上述医药行业的乱象，“两票制”应运而生。国务院医改办等部门于2016年12月26日联合发布了《关于在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”的实施意见（试行）》（国医改办发〔2016〕4号，以下简称“4号文”），要求在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”。“两票制”是指药品生产企业到流通企业开一次发票，流通企业到医疗机构开一次发票。此外，4号文也要求税务部门要加强对药品生产、流通企业和医疗机构的发票管理，依法加大对偷逃税行为的稽查力度。
2.“两票制”下医药行业的新业务模式与税务合规风险
自从“两票制”在全国全面推开以来至今，药品流通环节的多层经销过票乱象得到了整治。尽管如此，医药行业虚开发票、偷逃税的税收违法行为仍较为常见，正如本文第一节所述。
我们理解，对于医药企业而言，一方面其依赖于销售渠道的需求依然存在，商业回扣等合规问题未能根治，不法资金仍会寻求其他途径支付；另一方面，从前分摊在药品流通环节的大额利润转嫁至药品生产企业，药品较以往更高的价格出厂，医药企业本身也需承担更多的销售职能与风险，因此应当获得更高的利润、缴纳更多的税收，有些医药企业降低税务成本的需求也应运而生。
如果某医药企业接受医药服务商开具的增值税发票被税务机关认定为虚开的发票，且通过增值税进项抵扣、企业所得税税前列支减少缴纳了税款，该企业可能存在虚开发票、偷逃税等税收违法行为的合规风险。在“两票制”推行后的医药行业新业务模式下，这会是与医药服务商直接交易的医药企业需要直面的税务合规新挑战。
如上文所讨论，在“两票制”大背景下，医药行业衍生了新的服务模式，医药企业若接受缺乏业务真实性的医药服务商开具的发票，可能涉及虚开发票、偷逃税的税务合规风险。
1.虚开发票的法律责任
1)行政责任
根据《中华人民共和国发票管理办法》（下称“《发票管理办法》”）的规定，任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（1）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（2）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（3）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
《发票管理办法》同时规定，违反上述规定虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
2)刑事责任
虚开发票构成犯罪的，依法追究刑事责任。
根据《中华人民共和国刑法》（下称“《刑法》”）第二百零五条规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。其中，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开行为之一的。
根据最高人民法院的司法解释，虚开增值税专用发票的行为包括要求第三方为其开具增值税专用发票；虚开的税款数额在五十万元以上的，认定为《刑法》第二百零五条规定的“数额较大”；虚开的税款数额在二百五十万元以上的，认定为《刑法》第二百零五条规定的“数额巨大”。
3)具体法律责任分析
若医药服务商向医药企业开具增值税专用发票被主管税务机关认定为与双方之间实际业务不符，则该发票开具行为很有可能被认定为《发票管理办法》规定的“虚开发票”，医药服务商将被依据相应罚则予以行政处罚，构成犯罪的，将被依法追究刑事责任。
若税务机关认定医药企业与其医药服务商之间不存在真实交易（即与实际经营业务情况不符），则医药企业作为接受发票的一方，可能属于让他人为自己虚开的情形，存在被认定为虚开发票的风险，需承担相应的法律责任（视虚开金额），包括：企业依据《发票管理办法》规定的罚则被予以行政处罚；构成犯罪的，企业及直接负责的主管人员和其他直接责任人员将被追究刑事责任。
2.偷逃税的法律责任
根据《中华人民共和国税收征收管理法》（下称“《税收征管法》”）第六十三条规定，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
偷逃税行为构成犯罪的，依法追究刑事责任。
根据《刑法》第二百零一条之规定，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
若医药企业被认定为虚开发票，则已抵扣的增值税税额及附加税需要补缴，且会产生滞纳金。该等发票可能还会因为不符合规定而被税务机关认为不能作为企业所得税税前扣除的凭证，导致医药企业要补缴企业所得税及滞纳金。
虚开发票行为可能会被税务机关认为是偷逃税款的手段，以最终达成少缴税款的目的。若企业被税务机关认定构成偷逃税行为，则企业可能承担的法律责任包括补缴增值税及附加税、企业所得税，缴纳滞纳税款万分之五的滞纳金及可能的不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
企业、其直接负责的主管人员和其他直接责任人员同样存在被追究逃税罪的刑事责任的风险。然而，如果企业没有因为逃税被处罚的前科，且在税务机关下达追缴通知后，及时补缴应纳税款、缴纳滞纳金并支付罚款的，可以根据《刑法》第二百零一条第四款规定免予被追究刑事责任。
3.其他法律责任和负面影响
2)重大税收违法的信息公布与联合惩戒
根据《关于对重大税收违法案件当事人实施联合惩戒措施的合作备忘录》（发改财金〔2016〕2798号）的规定，上述联合惩戒措施共二十八项，包括金融机构融资授信参考、禁止适用海关认证企业管理、强化外汇管理、限制取得政府供应土地、依法依规限制政府性资金支持等。重大税收违法案件当事人受到的联合惩戒覆盖面广、力度大，一旦被列入税收“黑名单”，可谓寸步难行。
3)医保局分级处置失信违约行为
依据国家医疗保障局印发的《国家医疗保障局关于建立医药价格和招采信用评价制度的指导意见》（医保发〔2020〕34号）、《医药价格和招采信用评级的裁量基准（2020版）》（医保价采中心函〔2020〕25号）等文件规定，税务部门查处的虚开增值税发票案件中，属于取得虚开的增值税发票一方（善意取得虚开的增值税专用发票除外）的医药企业，若涉案的价税合计金额累计10万元以上，不满100万元的，失信等级评定为“中等”；若涉案的价税合计金额累计在100万元以上，不满1000万元的，失信等级评定为“严重”，涉案的价税合计金额累计在1000万元以上，失信等级评定为“特别严重”。
四、加强医药企业税务合规管理的建议
1.建立健全内控机制，加强合规凭证和文档的收集与管理
企业应当建立相应的内控制度与核查机制以确保各项费用发生的真实性，确保不存在虚开发票、偷逃税、虚构费用套现以支付非法费用的违法行为。尤其从税务角度而言，如前文所述，业务真实性是税务机关认定虚开发票等税收违法行为的重要考量，企业应当做到增值税发票征管通常所要求的“三流一致”，即业务流（货物流或者服务流）、资金流、发票流一致，此外合同流也需要与前几项保持一致，例如避免与个人签订合同、但实际支付给第三方公司并接受其开票的情形。
2.加强供应商资信审查与合同管理
3.积极有效应对税务检查/稽查
实践中，要求企业自查申报是目前较为常见的税务检查的方式，企业在收到税务机关的自查通知时，应当引起重视并谨慎处理，切莫掉以轻心，若处理不当，税务机关后续可能会对企业采取重点检查。在税务检查/稽查（包括自查）的过程中，企业可以积极与税务机关进行沟通，了解背景、检查重点等事宜，有助于判断如何有效应对；如果存在涉税争议问题，企业也应当与税务机关进行充分沟通，积极抗辩与举证，例如：医药企业支付给医药服务商的费用，如果是真实发生的交易，即使存在开票不规范的问题，也存在一定的抗辩空间。
然而，税务检查/稽查应对并非企业的日常工作，其工作人员往往缺乏这方面的专业知识与实务经验，例如：无法透析税务机关提出问题与要求资料的意图，不了解涉税争议问题可能产生的法律后果，难以制定有效应对方案以降低风险等。若医药企业本身存在税务合规瑕疵、税务检查/稽查又应对不当，将可能会面临严重的法律责任与负面影响。因此，建议企业在应对税务检查/稽查时，应尽早寻求专业机构（例如税务律师）协助，以期在合法合规的范围内有效降低税务风险。
随着中国近年来医药行业的蓬勃发展，医药企业的投资并购交易持续活跃，其中也不乏大型医药集团作为投资方的交易。尽管大型医药集团一般自身在税务合规管理上较为完善，但作为其投资标的小型医药企业，则可能存在不少上述税务合规问题。如果投资方在进行投资时，未通过尽职调查发现重大税务合规问题，或者即使发现了问题、却未通过有效的交易结构设计或者交易协议条款设置以规避或降低风险，而投资标的企业在投后被税务机关发现重大税收违法行为而需要承担法律责任，可能对投资方产生重大经济损失。
因此，建议医药企业投资并购交易的投资方将税务考量一并纳入投资尽调与评估、决策实施、投后管理等各项投资环节，例如进行税务尽职调查（可包含在法律尽职调查中），在交易方案设计、交易协议起草中充分考量税务风险。
6.其中，某一项重大税收违法案件涉及了两项税收违法行为，包括采取偷税手段，不缴或者少缴应纳税款、与非法取得增值税进项发票。
7.CSO（ContractSalesOrganization），即合同营销组织，为医药企业提供药品营销外包服务。
8.CSP（CommercialServiceProvider），即商业性服务提供商，为医药企业提供咨询服务。