股权转让先税后转变更过户有风险根据《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函〔2009〕285号）以及《国家税务总局关于加强税种征管促进堵漏增收的若干意见》（国税发〔2009〕85号），就自然人股东转让股权征收个人所得税等管理问题作了明确，其中要求主管税务机关按照税法规定，获取个人股权转让信息，对股权转让涉税事项进行管理、评估和检查，并对其中涉及的税收违法行为依法进行处罚。在实际工作中，工商、税务股权转让信息交换不畅，税务监管滞后，自然人转让股权多私下进行，交易完成款项打入个人腰包，基本无帐可查。
例如，甲公司全部由个人股东出资组建，2008年开业。2012年9月，当地税务稽查部门经与工商部门交换资料时发现，该公司在2011年12月发生了股权变更交易，总出资额不变，股东由28人减少为18人。原股东李某等将名下的股权全部转让，取得股权转让收入1572万元，相应股权原始出资额为1180万元，少交个人所得税（1572-1180）万元×20%＝78.4（万元）。李某等未申报缴纳个人所得税等，受让人也未履行代扣代缴义务。李某等除补缴税款外，被税务部门处不缴税款一倍罚款，受让人也受到相应的处罚。
风险提示：自然人股东转让股权多是私下进行，税务管理滞后。因此，纳税人一定要先申报后办理变更登记过户手续。
正如财政部、国家税务总局和证监会有关人士指出的，此次政策调整，旨在发挥税收政策的导向作用，鼓励长期投资，抑制短期炒作，促进我国资本市场长期稳定健康发展。对于短期投资者来说，只能带来重税负的涉税风险。
例如，小张于2012年5月15日买入某上市公司股票8000股，2013年4月3日又买入2000股，2013年6月6日又买入5000股，共持有该公司股票15000股，该上市公司2012年度每10股派发现金红利4元，股权登记日为2013年6月10日。该公司派发股息红利时，先按25%计算应纳税所得额为15000股÷10股×4元×25%=1500（元），此时上市公司直接代扣小张个人所得税1500元×20%=300（元）。如果小张在2013年6月18日卖出其中的13000股，按照先进先出的原则，视为依次卖出2012年5月15日买入的8000股、2013年4月3日买入的2000股和2013年6月6日买入的3000股，其中8000股的持股期限超过1年，2000股的持股期限超过1个月不足1年，3000股的持股期限不足1个月。则由证券公司等股份托管机构从小张个人资金账户中扣收并划付证券登记结算公司应纳股息红利个人所得税=（8000÷10股×4元×25%+2000÷10股×4元×50%+3000÷10股×4元×100%）×20%-300=180（元），证券登记结算公司应于次月5个工作日内将上述税款划付上市公司，上市公司在收到税款当月的法定申报期内向主管税务机关申报缴纳。