在研究马克思主义政治经济学与李斯特主义经济学的基础上，何新构建了一套宏阔的具创新性的经济学理论体系。它既不同于左派传统政治经济学经济理论，更与右派新自由主义经济理论针锋相对。何新将自己的重要经济学著作命名为《反主流经济学》和《新国家主义经济学》。何新经济学之理论要点大略如下：
1、1980年代末，何新提出了极具独创性的“市场空间有限性”理论，此论认为市场空间具有限性。
需求与供给的不匹配是市场经济的常态，此论与自由主义经济学教条之一的萨伊定律（认为市场可以自动匹配需求）针锋相对。何新再度激活被新自由主义久已宣布失效的生产过剩理论，对著名的马歇尔供求曲线以及亚当·斯密及马歇尔的市场自动均衡理论予以颠覆性批判。市场有限理论，为国家主义的市场培育与保护政策提供了理论支柱。
2、何新另一具有独创性的理论是他提出的“资本决定价格”理论。他否定著名的亚当斯密的市场自由竞争定价论，认为商品价格不是市场随机决定，而是受资本力量决定。何新此论从根本上颠覆了古典主义斯密以及新古典主义马歇尔的自由主义经济学的市场价格理论。这个，为国家加强宏观调控、抑制市场趋利性投机、防范国际金融突袭、保护实体经济和中小投资者的利益，提供了理论支撑。
3、针对马歇尔等欲构建的“纯经济学”，何新认为经济学具有鲜明的意识形态特征和政治属性，不可能中立化和纯学术化。不存在超离经济利益的中性纯形式主义经济学。新自由主义认为经济学主要应研究合理“配置资源”，何新认为经济学的主要研究对象是建立良好生产关系与调整社会利益分配，从而应当恢复政治经济学和.政策经济学的地位。
4、针对90年代新自由主义经济学家发起的私有化运动，何新旗帜鲜明地予以反对。何新指出，当代主要发达国家的经济体也是以大型垄断企业为骨干、国有及私营经济并存的。这种混合经济体制值得研究。何新认为欧洲及日本等国家对经济也并非完全不干预。他们的宏观调控方式值得借鉴。
6、何新的通货膨胀理论也极为深刻。何新认为，匈牙利经济学家科尔内提出所谓“短缺经济”理论，乃是非常肤浅之论。若从金融观点看，商品短缺现象的本质乃是一种隐性通货膨胀，绝非“总需求大于总供给”。90年代初何新在古巴考察经济时，他曾经直接面对卡斯特罗陈述这个观点，否定了古巴人认为古巴物价稳定，没有通货膨胀的观点。何新关于短缺经济实质上是隐形通胀的理论，后来也在国内发表并影响了施政方针，导致中国经济政策在1991年后发生重大逆转，由抑制需求转为尽力开拓国内外市场以扩大需求。
7、2000年代中国进入.世界贸易组织以后，针对新世纪有人提出用人民币升值的办法抑制通货膨胀，何新指出，人民币升值会导致大量热钱涌入，发生外升内贬式的通货膨胀。这一观点阻击了索罗斯等国际大鳄策划通过人民币升值套取汇率利差，让中国金融失血而搞垮中国经济的阴谋。
8、自2010年后，何新开始研究中世纪以来影响世界经济与政治的神秘跨国金融秘密组织“共济会”。何新发现了共济会的秘密金融历史及其与国际政治的密切关系。此后，何新对国际货币金融的研究推进到新的。何新提出了新的独创理论——金融杠杆决定实体经济的金融决定论。
9、针对以往人们普遍认为，是由商业资本推动封建社会过渡到资本主义，进而引发工业革命，何新提出“早期资本的大规模原始积累，并非通过微薄的商业差价利润的积累，而是通过金融信贷资本的大规模积累得到快速发展，犹太人的金融力量推动了欧美的工业革命。何新指出，经济危机的本质都是金融问题所引发的。“有史以来发生的一切经济危机，无一次不是源于金融资本的幕后操纵”。这一新的历史观点，还导致何新提出历史学中的西方伪史论。
10、何新认为，1930年代以来的苏联政治经济学理论并非出自马克思，而主要是出自苏联早期领导人之一的布哈林。布哈林理论构造了后来苏联中国学派的政治经济学意识形态。
何新认为俄国革命和中国革命，不可能直接实现共产主义。革命的真正意义在于改变旧制度后解放生产力，快速在短时期内实现了国民经济的工业化改造。中国前三十年的的计划经济和改革开放后的特色市场经济有承前启后的关系，前后两个三十年不能相互否定。
11、何新主张建立社会市场经济模式，国家实施宏观调控，充分发展民营经济，建立多元混合经济形态。以国家力量保护本国民族工业和市场利益。何新认为促进就业是政府管理国民经济必须面对的主要问题之一。主张以国家财政力量调节财富分配，抑制两极分化。建立全民社会保障体制。
12、何新认为，古典剩余价值理论认为——资本红利来自工人.劳动力创造的剩余价值。这个观点已经过时。因为在智能经济和大规模机器人产业出现的新时代。蓝领工人不再是生产及产业的主体。
何新在1980——2010长达三十年的长时期内，利用其作为全国政协专职委员的特殊地位，经常直接对经济问题和政策提出进言和意见以及各种建议。许多建议确实被决策层所听取和获得采纳。