农业部兽医局对农业部第627公告、第784公告、第850公告、第894号公告、第910号公告、2005年版《中华人民共和国兽药典》、2003年版和2006年版《国家兽药质量标准》中予以公布的159种水产用兽药品种进行了清理，废止了质量不可控、疗效不确切或临床毒、副作用大的品种。
目前农业部已批准的水产养殖用药包括抗微生物药、中草药、抗寄生虫药、消毒剂、环境改良剂、疫苗、生殖及代谢调节药共7类，通过评审并在农业部第1435号公告、第1506号公告、第1759号公告和第1960号公告及2010年版《中华人民共和国兽药典》中予以公布的水产用药物共104种，并明确了在水产养殖中应用的对象。
抗微生物药
抗生素是由细菌、真菌、放线菌、动物和植物等在生命活动过程中产生的一种次生代谢产物或其人工衍生物。抗生素的种类很多，但到目前为止，农业部批准生产和使用的水产养殖用抗生素共有3类4个品种，分别为氨基糖苷类的硫酸新霉素粉（水产用），四环素类的盐酸多西环素粉（水产用），酰胺类的氟苯尼考粉（水产用）、甲砜霉素粉（水产用）。
人工合成抗菌药包括磺胺类药物和喹诺酮类药物两大类。其中磺胺类药物抗菌谱广，价格较经济，是水产养殖业是最常用的抗菌药之一。其被列为水产用的品种包括复方磺胺二甲嘧啶粉（水产用）、复方磺胺甲噁唑粉（水产用）、复方磺胺嘧啶粉（水产用）、磺胺间甲氧嘧啶钠粉（水产用）4个品种。喹诺酮类抗菌药通过抑制细菌DNA螺旋酶而达到抑菌作用，具有抗菌谱广、抗菌活性强、给药方便、与常用抗菌药物无交叉耐药等特点，也是水产动物病害防治中使用最广泛的药物之一，包括恩诺沙星粉（水产用）、诺氟沙星粉（水产用）、烟酸诺氟沙星预混剂（水产用）、氟甲喹粉、乳酸诺氟沙星可溶性粉（水产用）、诺氟沙星盐酸小檗碱预混剂（水产用）和盐酸环丙沙星盐酸小檗碱预混剂共7个品种。
中草药
中草药是防治水产动物疾病和改善水产动物体质的经过加工或未加工的药用植物、动物或矿物，其中以植物药占大多数，利用植物的根、茎、叶、花、果实或全株入药。中草药具有天然、安全、药物作用温和等优点，其化学成分极为复杂，主要有效成分包括生物碱、甙类、挥发油、鞣质等。对病毒、细菌、真菌、寄生虫均有疗效，并且还对动物促长、改善肉味等作用。目前在水产养殖病害防治中常用的中草药有大黄、黄芩、黄柏、板蓝根、黄连、五倍子、大青叶、槟榔、桅子、苦参等。现行国家标准中中药类水产药物有45个产品，按功能可分为抗菌类、杀寄生虫类和调节机体类。
抗菌类中药制剂有38种，其中最常用的有大黄末（水产用）、三黄散（水产用）、双黄白头翁散、双黄苦参散、五倍子末、板黄散、清热散（水产用）。还有部分在生产实践中应用较多的有：板蓝根末、苍术香莲散（水产用）、柴黄益肝散、穿梅三黄散、大黄芩鱼散、大黄五倍子散、地锦草末、大黄解毒散、扶正解毒散（水产用）、肝胆利康散、根莲解毒散、虎黄合剂、黄连解毒散（水产用）、加减消黄散（水产用）、六味地黄散（水产用）、六味黄龙散、龙胆泻肝散（水产用）、七味板蓝根散、青板黄柏散、青连白贯散、清热散（水产用）、山青五黄散、银翘板蓝根散、大黄芩蓝散、蒲甘散、青莲散、清健散、板蓝根大黄散、地锦鹤草散、连翘解毒散、石知散（水产用）。
杀寄生虫类中药制剂有5种，分别为百部贯众散、苦参末、雷丸槟榔散、驱虫散（水产用）、川楝陈皮散。
调节机体类中药制剂有3种，分别为利胃散、脱壳促长散、芪参散。
抗寄生虫药
抗寄生虫药是指能够杀灭或驱除水产养殖动物体内、体外或养殖环境中寄生虫病原的药物。
按药物作用可分为抗原虫药、抗蠕虫药、杀甲壳动物药和除四害药四大类。
根据寄生虫的寄生部位可分为杀体内寄生虫药和杀体表寄生虫药。杀体内寄生虫药采用拌饵投喂方法，杀体表寄生虫药多以全池泼洒方式施药，也有个别体表寄生虫既可采用拌饵投喂施药，也可以全池泼洒方式施药，如治疗三代虫可用阿苯达唑粉（水产用）拌饵投喂，也可用敌百虫溶液（水产用）进行全池泼洒施药。
按使用方法可分为内服药和外用药。内服药有盐酸氯苯胍粉（水产用）、阿苯达唑粉（水产用）、吡喹酮预混剂（水产用）。外用药包括有机磷类：精制敌百虫粉（水产用）、敌百虫溶液（水产用）、辛硫磷溶液（水产用），重金属盐类：硫酸铜硫酸亚铁粉（水产用）、硫酸锌粉（水产用）、硫酸锌三氯异氰脲酸粉（水产用），菊酯类：高效氯氰菊酯溶液（水产用）、氰戊菊酯溶液（水产用）、溴氰菊酯溶液（水产用）及甲苯咪唑溶液（水产用）。
消毒剂
消毒剂是通过泼洒或浸泡等方式作用于养殖水体，用于杀灭动物体表、工具和养殖环境中的有害生物或病原生物，从而达到预防和治疗疾病的药物。
消毒剂种类较多，按化学成分和作用机理可分为氧化剂、表面活性剂、卤素、酸类、醛类等。目前通过农业部评审的水产用消毒剂多公布在农业部第1435号公告中，包括阳离子消毒剂的苯扎溴铵溶液（水产用），含氯消毒剂的次氯酸钠溶液（水产用）、三氯异氰脲酸粉（水产用）、溴氯海因粉（水产用）、含氯石灰（水产用），碘制剂的复合碘溶液（水产用）、高碘酸钠溶液（水产用）、聚维酮碘溶液（水产用）、碘附（I）、蛋氨酸碘溶液和醛类消毒剂的浓戊二醛溶液（水产用）、稀戊二醛溶液（水产用）、戊二醛苯扎溴铵溶液（水产用）。
环境改良剂
环境改良剂是以改良水产养殖环境、去除养殖水体中有毒有害物质为目的一类有机或无机的化学物质。它具有调节pH、吸附重金属离子、调节水体氨氮含量、提高溶氧等作用。从用药效果来讲，某些消毒剂也可以作为水质改良剂，而某些水质改良剂也具有消毒作用，如过氧化氢溶液（水产用）作为水质改良剂具有增氧作用，还具有抗菌消毒作用。
水处理剂种类较多，主要有絮凝剂、吸附剂、螯合剂、表面活性剂、肥料及经过筛选的微生物制剂等，但目前肥料和微生物制剂不在农业部批准并公布的水产兽药名单中。通过并已公布为国家标准的水产用环境改良剂有过硼酸钠粉（水产用）、过碳酸钠（水产用）、过氧化钙粉（水产用）、过氧化氢溶液（水产用）、硫代硫酸钠粉（水产用）、硫酸铝钾粉（水产用）、氯硝柳胺粉（水产用）。
疫苗
疫苗是指一类用微生物及其代谢产物、动物毒素或动物的血液及组织，经过物理、化学或生物技术手段制备的用于预防、控制特定传染性疾病发生和流行的制剂。它具有特异性免疫力，属于生物制品的范畴。
按病原生物的不同可分为细菌疫苗和病毒疫苗。按制备方法不同可分为活疫苗、灭活疫苗、亚单位疫苗、基因工程疫苗和核酸疫苗。我国水产疫苗研究始于二十世纪60年代，开发应用欠缺。到目前为止，仅有4个疫苗产品获得生产批准文号和国家新兽药证书，包括草鱼出血病活疫苗（GCHV-892株），草鱼出血病细胞灭活疫苗，嗜水气单胞菌败血症灭活疫苗和牙鲆溶藻弧菌、鳗弧菌、迟缓爱德华氏菌病多联抗独特型抗体疫苗。其中只有草鱼出血病灭活疫苗被列为国家兽药标准。
生殖及代谢调节药
这类药物以改善养殖对象机体代谢、补充代谢必要物质、增强体质、促生长为目的的药物。目前在水产养殖中常用的调节水产动物代谢及生长的药物，主要有催产激素、维生素、促生长剂等几类。
激素类药物对维持生物机体正常生理功能和稳定内环境有重要作用。目前用于水产养殖的激素类药物仅用于亲鱼催情、催熟和催产，尤其是对性腺成熟度较差的亲鱼催熟，以保证鱼苗数量和质量，满足生产养殖的需要。目前列入国家兽药质量标准的催产激素包括注射用复方绒促性素A型（水产用）、注射用复方绒促性素B型（水产用）、注射用促黄体素释放激素A2、注射用促黄体素释放激素A3和注射用绒促性素（I）。
维生素是维持水生动物生长、代谢和发育所必需的一类微量低分子有机化合物。大多数必须从食物中摄取，仅少数可在体内合成或肠道内微生物产生。维生素类药物主要用于防治维生素缺乏症。在水产养殖中主要用于增加养殖动物抗病力和抗应激能力。已知的维生素有几十种，农业部在兽药国家标准上公布的水产用维生素，包括维生素C钠粉（水产用）和亚硫酸氢钠甲萘醌粉（水产用）2个品种。
促生长剂是通过刺激内分泌系统，调节代谢，改善体质，刺激采食，提高饵料的利用率，从而促进动物生长。促生长剂只有盐酸甜菜碱预混剂（水产用）一个品种列入兽药国家标准。