虹鳟鱼用药可根据药物的性质、用途主要分为以下6类：
一、水产养殖常用药物
1、环境改良剂
环境改良药是以改良水体环境、去除水体中有毒有害物的一类有机或无机的化学物质。它具有调节pH值、吸附重金属离子、调节水体氨氮含量、提高溶氧等作用。包括底质改良剂、水质改良剂和生态条件改良剂等。这类药主要有碱类、盐类、矿物质等，氧化钙、碳酸氢钠及沸石等是一些常见的改良药物，但由于虹鳟鱼特殊的养殖环境，这类药物在虹鳟鱼养殖中应用并不多见。
2、消毒剂
消毒剂是通过泼洒或浸浴等方式作用于养殖水体，用于杀灭动物体表、工具和养殖环境中的有害生物或病原生物，控制病害传播或发生的药物消毒剂较多，虹鳟鱼养殖中常用的包括：含氯石灰（漂白粉）、高锰酸钾、硫酸铜及聚维酮碘等。
3、抗微生物药
抗微生物药主要用于预防和治疗因病毒、细菌和真菌所导致的水产动物疾病。抗微生物药物包括抗细菌药、抗病毒药和抗真菌药。主要通过口服、浸浴或注射等方式抑制或杀灭体内病原微生物。
4、抗细菌药
水产养殖业中应用最广泛、种类最多的一类药物，又可分为抗生素（如青霉素、土霉素、氟苯尼考等），磺胺类（如磺胺甲基嘧啶、磺胺二甲嘧啶等），氟喹诺酮类（如恩诺沙星、诺氟沙星、达氟沙星等）及其他一些种类。
5、抗病毒药物
通过阻断病毒的增殖途径起到治疗水产动物病毒性疾病的药物，常用的水产养殖抗病毒药物有碘制剂及板蓝根、柴胡等中草药。
6、抗真菌药
主要用于治疗水霉等真菌引起的感染。常用的抗真菌药物如制霉菌素等。
7、抗寄生虫药
抗寄生虫药指能够杀灭或驱除水产养殖动物体内、体外或养殖环境中寄生虫病原的药物。根据药物作用可分为抗原虫药、驱杀蠕虫药、杀甲壳动物药和除害药四大类。根据使用方法可分为内服药和外用药。内服药如阿维菌素、盐酸左旋咪唑、阿苯达唑、吡喹酮等，外用杀虫药有硫酸铜、甲醛等。
8、中草药
指防治水产动物疾病和改善水产动物体质的经过加工或未经加工的植物、动物或矿物质。中草药具有天然、安全、药物作用温和与稳定等优点，在水产养殖用药中具有巨大的发展潜力。目前在虹鳟鱼养殖中常用的包括大黄、黄芩、黄柏、甘草、大蒜、板蓝根等。
9、生物制品
目前用于虹鳟鱼养殖的生物制品主要为疫苗，如传染性胰脏坏死症疫苗传染性造血器官坏死病疫苗、杀鲑气单胞菌苗及弧菌疫苗等。
二、水产养殖禁用药物
在我国水产养殖业中，有一些药物被禁止使用。
被禁用的药品有：1、地虫硫磷；2、六六六；3、林丹(丙体六六六)；4、毒杀芬(氯化莰烯)；5、滴滴涕(DDT)；6、甘汞；7、硝酸亚汞；8、醋酸汞；9、呋喃丹(克百威、大扶农)；10、杀虫脒(克死螨)；11、双甲脒(二甲苯胺脒)；12、氟氯氰菊酯(氟氰菊酯)；13、五氯酚钠；14、孔雀石绿(碱性氯)；15、锥虫胂胺；16、酒石酸锑钾；17、磺胺噻唑；18、磺胺脒(磺胺胍)；19、呋喃西林(呋喃新)；20、呋喃唑酮(痢特灵)；21、呋喃那斯；22、氯霉素；23、红霉素；24、杆菌肽锌；25、泰乐菌素；26、环丙沙星；27、阿伏帕星；28、喹乙醇；29、速达肥；30、乙稀雌酚；31、甲基睾丸酮
三、药物剂量的计算
药物剂量指防治疾病时的用药量,不同剂量可以产生药物作用强度变化。水产动物疾病防治时用药剂量计算主要根据给药方式决定，其中内服药按吃食鱼体重计算.而外用药则按池内现有水体体积进行计算。同时结合水产动物种类,年龄,健康状况及环境因素(水温,pH,有机物含量、溶解氧含量、光照和季节、养殖密度等)可适当灵活变动用药剂量
四、给药方式
选择何种给药方式，一要根据水产养殖动物疾病病原特性、患病动物的发病程度及药物的特性来进行综合判断。治疗鱼类疾病的主要给药途径有：口服法、泼洒法、浸浴法、注射法和局部涂抹法等。
1、遍洒法
采用对某些病原体有杀灭效果、而对鱼体本身又安全的药物浓度，将药物按水体体积计算的用量，在鱼池中遍洒，以杀灭鱼体表面和鳃部及水体中的病原体。使用此法，必须较准确地计算出鱼池水的体积，称取的药物用水均匀化开，稀释后均匀的泼洒全池。由于此法能同时对寄生在鱼体和水体中的病原体起作用，因此效果较好。注意在使用时对光敏感的药物遍洒时应在傍晚时进行。同时，水温、酸碱度、有机物及水体浑浊度等因素也会影响药物的使用效果。
2、内服法
3、注射法
鱼病防治如常用的注射法有肌肉注射和腹腔注射两种。肌肉注射，一般在背鳍基部与鱼体成30°～40°的角度进针；腹腔注射，将注射器针头从胸鳍内侧基部插入，深度依鱼体大小而定。由于自动注射器的普及，注射法应用也很广泛，此法常用于疫苗预防传染性疾病。优点是药效好，缺点是操作费时,易伤鱼,幼苗使用比较困难。
4、浸浴法
5、涂抹法
涂抹法是在体表患病处涂抹较浓的药液以杀灭病原体。此法适用于产卵亲鱼检查、注射催产剂及名贵品种。用药量少，方便，安全，副作用小。涂抹时头部一定要向上，以防药液流入鳃，产生危险。
6、挂袋法
将药物装于袋或篓内,挂于饵料台附近,用以预防疾病发生的方法。常用于疾病发生高峰期的疾病预防。该方法优点是操作简单,用药省,对水质危害少。缺点是只能起到局部消毒灭菌的作用。