1.正规清洁中段尿(要求尿停留在膀胱中4～6h以上)细菌定量培养，菌落数≥105/ml.
2.参考清洁离心中段尿沉渣白细胞数≥10个/HP，或有尿路感染症状者。
具备上述1、2可以确诊。如无2则应再作尿菌计数复查，如仍≥105/ml，且两次的细菌相同者，可以确诊。
3.作膀胱穿刺尿培养，如细菌阳性(不论菌数多少)，亦可确诊。
4.作尿菌培养计数有困难者，可用治疗前清晨清洁中段尿(尿停留于膀胱4～6h以上)正规方法的离心尿沉渣革兰染色找细菌，如细菌>1/油镜视野，结合临床症状，亦可确诊。
5.尿细菌数104～5/ml之间者，应复查，如仍为104～5/ml，需结合临床表现来诊断或作膀胱穿刺尿培养来确诊。
(二)上、下尿路感染的鉴别具备上述尿路感染标准兼有下列情况者：
1.尿抗体包裹细菌检查阳性者，多为肾盂肾炎，阴性者多为膀胱炎。
2.膀胱灭菌后的尿标本细菌培养结果阳性者为肾盂肾炎，阴性者多为膀胱炎。
4.经治疗后症状已消失，但又复发者多为肾盂肾炎(多在药后6周内);用单剂量抗菌药治疗无效或复发者多为肾盂肾炎
1.尿路感染病史在一年以上，经抗菌治疗效果不佳，多次尿细菌定量培养均阳性或频繁复发者，多为慢性肾盂肾炎。
2.经治疗症状消失后，仍有肾小管功能(尿浓缩功能等)减退，能排除其他原因所致者为慢性肾盂肾炎。
3.X线造影证实有肾盂肾盏变形，肾影不规则甚至缩小者为慢性肾盂肾炎。
应具备下列三条：
1.女性患者有明显的排尿困难、尿频，但无发热、白细胞增高等全身症状。
2.多次尿细菌培养落数<105/ml。
3.尿中白、红细胞数增加不明显(<10个/HP)。
(五)尿路感染复发
具备下列两条;
1.经治疗症状消失、尿菌阴转后在6周内症状再现。
2.尿细菌数≥105/ml。而菌种与上次相同(菌种相同而且为同一血清型，或者药敏谱相同)者。
(六)重新发生的尿路感染(再感染)应具备下述两条：1.经治疗后症状消失，尿菌阴转后，症状再现(多在停药6周后)。2.尿菌落数≥105/ml。但菌种(株)与上次不同者。
中医类证鉴别：
2.痨淋：尿频、尿急、尿痛等症状明显，晨尿结核杆菌培养可阳性，而普通菌培养阴性。尿沉渣可找到抗酸杆菌，抗痨治疗有效。