子实体污染现象：菌盖上的病斑呈圆形、椭圆形或不规则形。病斑外圈颜色较深，呈深褐色。潮湿时，中央灰白色，有乳白色粘液。菌杆、菌盖全部变黑褐色，质软，有粘液，最后整朵菇腐烂。
子实体防治：出菇期间，菇房内温度控制在15℃以下。避开春季高温、高湿的影响。要及早治虫。发病初期，用漂白粉或漂白粉精兑水喷雾，或用浓度为40－50mg/l的链霉素液喷雾，可抑制病原细菌的扩展。
菌种污染现象：菌种制作时，常发现以麦粒及粪草为基质的菌种瓶（袋）外壁局部出现“湿斑”。和淡黄色的粘液（菌落）。打开棉塞有一股难闻的气味，类似有机物腐烂的腥臭味。这种现象大多是细菌污染。这些细菌多属于芽孢杆菌类。
2.子实体真菌性病害
①、发生与危害：在菇床上产生白色棉毛状菌丝，迅速蔓延扩大，及至遍及整个菇床。后期，白色菌丝变成红色或水红色。被棉毛状菌丝包围的子实体变成褐色，最后腐烂。
②、防治：采用二次发酵，加强通风，或喷800－1000倍多菌灵、1000倍甲基托布津药液；此外，搞好环境卫生，彻底消除病菇，对控制该病的发生与蔓延也是有效的。
3．料内真菌性病害
a、曲霉类:污染现象：常在棉花塞和瓶颈交接处或培养基面上出现曲霉的污染斑，用放大镜可看到一丛丛黄色、土黄色、褐色、烟色、黑色成丛簇的色斑。
污染原因：菌种瓶填料后没有马一清洗或清洗不干净，为杂菌孳生提供场所，使用劣质、短绒棉花做棉塞，灭菌过程棉花塞受潮，加上棉花塞制作过于松散，有利于曲霉孢子顺着棉塞和瓶壁之间侵入；棉塞经过高压灭菌后部分脱脂，在梅雨季节空气相对湿度高，棉塞吸潮，在菌种扩接时，如果瓶口没有经过认真检查及火焰消毒，棉塞一打开，曲霉分生孢子就会随接种操作过程产生的气流带入待接的培养基内，造成污染。
b、青霉类：污染现象：青霉同样是一种常见的污染菌。在28－32℃高温高湿条件下，青霉分生孢子在1－2天就萌发成菌丝。菌丝体初期白色，繁殖迅速，很快出现蓝绿色粉状分生孢子，星点状散布在培养基的表面，或形成菌斑。
污染原因：同曲霉
c、木霉类:
污染现象：菌落生长迅速，棉絮状或致密丛束状。菌落表面颜色有不同程度的绿色，有浅绿，黄绿、绿色或深蓝绿色。
d、酵母菌
污染现象：一级种斜面试管出现粘稠状圆形菌落。在麦粒二级种或三级种培养基中也常会出现。常见种有酵母菌，红酵母菌，橙色红酵母菌等。
污染原因：灭菌不彻底。
e、链孢霉
污染现象：初期从棉塞上长出须状的白色菌丝，垂下直到培养基面上。菌丝很快变成橘黄色，绒毛状，随后透过棉塞出现馒头形，
长出分生孢子梗及成串分生孢子，橘黄色或橘红色，这种链孢霉能杀死食用菌菌丝，引起菌瓶发热，发酵生醇，因此很容易从菌种室内嗅到酒味。
污染原因：通常在常压灭菌后潮湿的棉花塞上生长，特别是5、6月份雨季更易出现。菌种接种时，宁可将湿棉塞弃之，换上预先灭菌过的干棉花塞，也不可存有侥幸心理。
f、毛霉和根霉属
污染现象：先从棉塞上形成银白色菌丝（像胡须状）潜入培养基，气生菌丝十分旺盛，生长十分迅速，数日全出现大量黑色孢子囊。在显微镜下毛霉和根霉的区别是：
污染原因：雨季，接种室接种箱内黑根霉孢子密度增加，消毒不彻底所致。
4.真菌性病害综合防治
①、防治为主
严格选用木屑，配方合理，含水量适中，填料严实，封口严密；选用优质塑料袋，料筒在搬运时要防止毛刺刺破；灭菌时排列合理，以保证受热均匀；排足冷气；冷却室要求洁净；接种过程无菌操作规范化；采用塑料袋为容器的可在接种后立即置于石灰浆中旋转几下，取出后置于培养架上，利用石灰粉浆堵塞偶尔出现的针眼，以减少污染通道。
②、药物防治为辅
托布津、苯来特及多菌灵对除毛霉外的其余4个属的杂菌抑制效果较好。由于这3种药物的分解点均在178℃以上，即使高压灭菌也不会分散失效。多菌灵、托布津在平菇栽培中已普遍应用。高温季节制香菇栽培筒时，添加0.1%多菌灵可大幅度降低污染率。也可用石灰粉扑打在接种孔穴上，造成偏碱性环境，以防喜酸性杂菌孢子萌发、定植、蔓延。
③、及时检查，发现有污染立即处理。尤其是红色链孢霉，一经发现必须及时用湿布包起移出培养室烧毁，谨防孢子散发。污染初期可
立即回炉灭菌后拌上新料重做。少量、局部的污染可在污染处用针筒注入75%酒精或1%福尔马林液，以抑制杂菌的蔓延，针孔处帖上胶布块。
④、综合防治:栽培筒制作期必须尽可能地与各种杂菌的最佳生态条件错开，以减轻污染。
二、生理性病害
当生态环境条件不能满足食用菌发育所需的最低要求时，就会发生生理代谢性障碍而使菇类畸变，这属于非侵染性病害。在菌丝体阶段表现为菌丝萎缩或徒长，在子实体阶段则表现为畸形。大多数食用菌生理性病害产生的原因基本相近。
1.菌丝体阶段的生理性病害及其防治
①、菌丝徒长
主要发生在蘑菇栽培中的覆土层，俗称“冒菌丝”。这除了和菌种特性有关外（主要发生在气生型菌株），常因菇床的空气相对湿度过大，通风不良所致。遇到高温时，菌丝向上窜，在覆土层出现十分浓密的“菌被”，使形成的菇蕾窒息而死。出现“冒菌丝”的初期，应在早晚喷水，并大量通风，降低菇房的温度，及时用齿耙划破徒长的菌丝层。
②、菌丝萎缩
在蘑菇栽培中，常在发菌与出菇阶段出现菌丝发黄、发黑、萎缩甚至死亡的现象。其产生原因是复杂的。料害：建堆时添加过多的氮肥，导致已萌发的菌丝“氨中毒”而死亡。水害：覆土层喷水过急造成培养料过湿而缺氧，致使菌丝萎缩。气害：高温、高湿下，菌丝易发黄死亡，即前述菌筒培养时产生的“烧菌”现象。
2.子实体阶段的生理病害及其防治
子实体阶段的生理性病害主要表现为畸形，主要有以下几种。
①、栽培小区O2不足，CO2累积量过高因栽培品种不同，产生的症状表现差异较大。灵芝栽培中，生长成鹿角状；毛木耳常产生似鸡瓜的“鸡瓜耳”；银耳栽培中出现的“团耳”，猴头则出现珊瑚状分枝
②、栽培小区温度低于栽培菌类分化所需的最低温度。香菇品种属高温型菌株出现“荔枝菇”；平菇生产中瘤盖菇。
③、栽培小区的湿度过大。在人防工事内栽培食用菌菇时，由于静止湿度达到饱和状态，在菌盖上又长出小菇蕾，出现了二次分化现象。
三、常见有害动物
1.眼菌蚊，别名菇蝇、菇蛆
形态：卵为圆形或椭圆形，光滑，白色，半透明，大小为0.25mm×0.15mm。幼虫为白色或半透明，有极明显的黑色头壳，长6－7mm。蝇长为2.0－2.5mm。初为白色，后渐成黑褐色。雌虫体长约2.0mm，雄虫长约3.0mm，每对成虫产卵100－200粒。具有趋光性。
防治：菇房门窗用纱网封牢，防止成虫飞入产卵繁殖造成危害，如果菇房内已有眼菌蚊危害。可用2.5%溴氰菊酯乳剂稀释3000倍喷雾（50kg稀释液可喷400m2面积，可兼治螨和跳虫），但子实体釆收前一星期内禁用。
2.果蝇类
形态：卵长椭圆形，白色至淡黄色，幼虫为蛆形，无足，初期幼虫白色，透明，无明显头部，老熟幼虫体黄色，长7－10mm，尾部有两个肉质突起。蛹为长椭圆形，深褐色，长3－4mm。成虫淡黄色，触角3节，触角芒状，复眼红色，体长3－4mm，展翅7－9mm。成虫具有趋光性，对糖醋也有趋性，营腐生，食性杂。总世代为12－16d。
危害：果蝇危害所有的食用菌。幼虫取食子实体，钻蛀子实体形成蛀食隧道，受害后变红褐色。
防治：同眼菌蚊。果蝇成虫对糖醋有趋性，可用酒：糖：醋：水＝1:2:3:4配成，加几滴敌敌畏，置于灯下诱杀成虫，连续数日可大大降低虫口数。
3.螨类（别名为菌虱，红蜘蛛。属蛛形纳，蜱螨来纲）
形态：体形微小（一般仅0.2－0.6mm），常为圆形或卵圆形，一般为四个体段构成，即颚体段、前肢体段、后肢体段、末体段。口器分为刺吸式和咀嚼式两类，前肢体段着生前面2对足，后肢体段着生后面2对足，全称肢体段，共四对足，足由6节组成。
危害：螨类主要以若螨或成螨危害菌丝，将菌丝咬断而食，也会将子实体蛀食成空洞，菇体色泽转为褐色或失去光泽，有的被害组织部位出现褐色病斑。危害菌种时稍不注意，会造成毁灭性灾害。
防治：以防为主。首先搞好环境卫生，杜绝螨类栖息和繁殖。菌种场或栽培场周围严禁饲养家禽。麸皮、米糠等原辅材料存放场所尽可能通风干燥，并且远离菌种场。培养架脚施5%氯丹粉，菌种瓶的棉花塞上也可以撒点氯丹粉。
4.线虫
形态：目前报道的食用菌线虫，有寄生线虫和腐生线虫两大类。主要是滑刃线虫、双垫刃线虫和小杆线虫。线虫极细小，只能在显微镜下才能观察到。
危害：所有食用菌均能被危害,受侵害的症状是子实体腐烂，发出特殊的腥臭味。危害平菇类时,造成平菇大幅度减产。现蕾期受害，菇盖中央先变黄，渐及整个菇蕾。幼蕾期受害，菇体畸形，柄长，盖小，整个菇体呈软腐。子实体受害时，从菌柄到菌盖颜色由浅变深，软腐呈水渍状，黄褐色,最后枯萎。发病时可用500倍克螨特液浸泡栽培块，浸至透心为度，防治效果较好。