细菌与病毒的根本区别在于形态大小结构不同，繁殖方式以及治疗方式都不同。
1.形态结构不同：细菌是一种单核细胞生物，有细胞壁、鞭毛以及菌毛等细胞结构，在显微镜下能观察到。而病毒是非细胞微生物结构单一，主要由核酸和蛋白质组成，多为杆状或螺旋状，病毒的大小一般是细菌的十分之一，要通过精密仪器才可发现。
2.繁殖方式不同：细菌在适宜条件下就可以进行自我繁殖，而病毒需要宿主细胞才能生存和复制。
3.治疗方式不同：当有害细菌感染致病时，医生会建议服用抗生素治疗，如头孢拉定胶囊、阿莫西林胶囊等药物。而抗生素也对大多数病毒不起作用，必须依靠自身的免疫系统产生抗体，来防止病毒感染健康细胞，这时可以遵医嘱口服利巴韦林胶囊、转移因子口服溶液等药物进行抗病毒及辅助免疫系统，也可以通过打疫苗让身体在接触病毒之前产生抗体，来达到预防病毒的目的。
除上述区别外，细菌与病毒的构造及生存能力也存在一定的区别。因此病毒和细菌虽然都是病原微生物，但在本质上还是有一些区别的。
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