中检院前身是1950年成立的中央人民政府卫生部药物食品检验所和生物制品检定所。1961年,两所合并为卫生部药品生物制品检定所。1998年,由卫生部成建制划转为国家药品监督管理局直属事业单位。2010年，更名为中国食品药品检定研究院，加挂国家食品药品监督管理局医疗器械标准管理中心的牌子，对外使用“中国药品检验总所”的名称。
在党和政府的领导和关怀下，经过几代人的艰苦努力、辛勤耕耘，中检院已发展成为集检定、科研、教学、标准化研究于一体的综合性国家级检验机构，具备食品、药品、保健食品、化妆品、医疗器械五大类检测能力。通过实施“人才兴检”和“科技强检”战略，产生了许多开创性科技成果，获国家科技奖33项、省部级奖200余项。其中，获国家科技一等奖6项。“流行性出血热灭活疫苗研究”、“流行性乙型脑炎减毒活疫苗的研制”获国家科技进步一等奖。
2010年9月，经国家发改委正式批复的中检院迁址建设项目举行了奠基仪式，建设规模100383平方米，投资10.9亿元，一个资源配置合理、运行体系完善、检验机制科学、科技能力领先的国家级食品药品检验检测机构将在北京中关村科技园大兴生物医药产业基地诞生。中检院将坚持以检验检测能力建设为核心，努力发挥全面支撑食品药品监管、促进产业发展、保障公众健康作用，为构建社会主义和谐社会做出新贡献。
一、主要职责
（一）承担药品、医疗器械的注册审批检验及其技术复核工作，承担保健食品、化妆品审批所需的检验检测工作，负责进口药品注册检验及其质量标准复核工作。
（三）承担或组织药品、医疗器械检验检测的复验及技术检定工作。
（七）负责药品、医疗器械国家标准物质的研究、制备、标定、分发和管理工作。
（八）负责生产用菌毒种、细胞株的检定工作，承担医用标准菌毒种、细胞株的收集、鉴定、保存、分发和管理工作。
（九）承担实验动物质量检测和实验动物保种、育种和供种工作。
（十四）承担严重药品不良反应或事件以及医疗器械不良事件原因的实验研究。
（十六）承办国家食品药品监督管理局交办的其他事项。
二、内设机构
根据上述职责，中国食品药品检定研究院（国家食品药品监督管理局医疗器械标准管理中心）设置以下26个内设机构：