人体是一个生态系统，由我们自身的细胞和大量的微生物组成。据估计，我们的身体携带有数以万亿计微生物，包括细菌、真菌和病毒等，其数量远远超过人体自身细胞的数量，它们与我们人类宿主互惠互利，和谐共生。越来越多的研究表明，这些微生物与我们的早期生长和发育、消化和吸收、免疫调节、代谢甚至情绪等都有联系。
正因为如此，益生菌在营养市场上也名声大噪，绝对算得上是近些年来人类健康的新宠儿。越来越多的研究也表明，富含益生菌的食物和补充剂在预防和治疗许多健康问题和疾病方面都表现出一定的潜力，从胃肠道疾病到脑部疾病，从过敏甚至到癌症等等。
在印度，传说释迦牟尼佛祖由于长期坚持禁食，身体虚弱，渐渐失去知觉，在这危急时刻一位牧羊女端来一碗酸奶，佛祖饮用后逐渐恢复了知觉，从此，酸奶被佛家视为圣物，在佛经中认为酸奶是最有价值的食品。2000多年前，医学之父希波克拉底也推荐发酵乳制品来帮助缓解肠胃问题。
因为直到1683年列文虎克通过显微镜第一次真正观察到了微生物，人们才知道了微生物的存在，所以虽然当时人们还并不知道益生菌的存在，但是可以肯定，这其中益生菌功不可没。
真正让益生菌走进人们视野的是俄罗斯科学家梅契尼科夫（ElieMetchnikoff）。20世纪初期，梅契尼科夫在研究人类长寿问题时，发现人体大肠非常适合腐败细菌的生存，而这些细菌对人体的危害极大，是造成早衰、减寿的原因。他在保加利亚进行调查时，发现这个国家每1000名去世的人中，有4名是百岁以上的长寿者，这些高龄老人无一例外生前都爱喝酸奶。梅契尼科夫断定这些高龄老人都是喝了酸奶的结果，他通过对酸奶进行化验后发现，酸奶中有一种能有效消灭大肠内的腐败细菌的杆菌，并将它命名为“保加利亚乳酸杆菌”，在他的“长寿学说”中，他指出“保加利亚乳酸杆菌”能够有效抑制人体胃肠道里腐败细菌的生长，并吸收肠道里的食物残渣，减少由于肠内有害菌对整个机体的毒害。尽管梅契尼科夫推荐使用发酵乳制品来获得这些益处，但是在那以后益生菌逐渐以各种不同的形式出现。
世界卫生组织和联合国粮农组织对益生菌的定义是摄入足够数量对宿主健康有益的活性微生物。
根据这个定义有几个关键点：
微生物必须是活的而不是死的。
微生物必须对宿主产生有益健康的作用。
必须有足够数量的这些微生物，也就是所谓的治疗剂量，以实现这些健康效益。
所以，如果一种产品不能满足所有这些标准，不应该被认为是“益生菌”。此外，在益生菌产品中所使用特定菌株也应该得到临床试验的支持。
益生菌目前主要以粉剂、胶囊等形式存在。虽然有许多不同的发酵食品中也含有活性微生物，比如酸奶、康普茶、泡菜等，它们也能提供一些健康益处，但是这些产品的治疗剂量很难确定，从严格意义上来讲它们仍不属于“益生菌”的范畴。
这里也不可避免的需要提交一下“益生元”和“合生元”两个容易混淆的概念：
简单地说，益生元就是益生菌的食物。
2016年12月，国际益生菌与益生元科学协会（ISAPP）发布共识，更新了益生元的定义和范围。益生元的新定义是：能够被宿主的菌群选择性利用并转化为有益于宿主健康的物质。新的定义扩展了益生元的概念，包括可能的非碳水化合物物质，可应用于胃肠道外的身体其它部位，并且益生元的类型不再仅限于食物。在这次的修订中原有的益生元家庭又增加了共轭亚油酸、多不饱和脂肪酸、母乳低聚糖、多酚类物质和植物化合物。
除了含有益生元的天然食物，现在还有许多益生元补充剂，如果人们不能在饮食中获得一系列益生元食物，它们可以帮助喂养我们的有益微生物。（参阅：你不了解的益生元）
合生元是益生菌和益生元的结合。所以，如果一个益生菌产品中加入了益生元，可以被认为是一种合生元。
合生元背后的理论是基于这样一个假设：益生元与益生菌一起工作，将帮助这些细菌在肠道内的生长和繁殖。所以，好的合生元不是简单地将益生菌和益生元结合在一起，而是应该相互协同作用，达到1+1>2的效果。
生物分类从大到小依次为界、门、纲、目、科、属、种，比如大家所熟悉的养乐多中所使用的干酪乳杆菌就属于细菌界、厚壁菌门、杆菌纲、乳杆菌目、乳杆菌科、乳杆菌属，而干酪乳杆菌就属于“种”水平了。
益生菌通常存在于几个不同的属中，每个属中有许多种和菌株。以下是目前国内批准的可用于食品的菌种名单：
第一类：乳杆菌属
嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、卷曲乳杆菌、德氏乳杆菌保加利亚亚种、德氏乳杆菌乳亚种、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、格氏乳杆菌、约氏乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、唾液乳杆菌、清酒乳杆菌、弯曲乳杆菌
第二类：双歧杆菌属
青春双歧杆菌、动物双歧杆菌（乳双歧杆菌）、两歧双歧杆菌、短双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌
第三类：链球菌属
嗜热链球菌
第四类：乳球菌属
乳酸乳球菌乳酸亚种、乳酸乳球菌乳脂亚种、乳酸乳球菌双乙酰亚种
第五类：明串球菌属
肠膜明串珠菌肠膜亚种
第六类：丙酸杆菌属
费氏丙酸杆菌谢氏亚种、产丙酸丙酸杆菌
第七类：片球菌属
乳酸片球菌、戊糖片球菌
第八类：葡萄球菌属
小牛葡萄球菌、木糖葡萄球菌、肉葡萄球菌
第九类：芽孢杆菌属
凝结芽孢杆菌
第十类：克鲁维酵母属
马克思克鲁维酵母
目前的益生菌产品中所使用的菌株大多属于乳杆菌属和双歧杆菌属。这里我们不再对每一种菌株进行详细的介绍，前面我们发布的《乳酸杆菌里的那些超级玩家们》一文中对部分菌株的优势和特长进行过详细的探讨，感兴趣的朋友可以参阅。
益生菌已被广泛研究并用于帮助治疗许多健康问题，包括胃肠道问题和肠道以外的问题。益生菌在一些最常见的健康状况中表现出积极的影响，包括但不限于：
肠易激综合征
炎症性肠病
便秘
肠道感染
肠道菌群失调
乳糖不耐受
肠漏
念珠菌性阴道炎
湿疹
肥胖
糖尿病
子宫内膜异位
焦虑
抑郁
胃食管反流病
食物过敏
免疫力低下
关于益生菌的更多潜在益处，可参阅：你意想不到的益生菌作用竟有如此之多
益生菌可以通过多种不同的机制在胃肠道产生有益健康的作用，其中包括：
1、益生菌可以与胃肠道内的致病性微生物竞争，占据任何可利用的空间。当天然肠道菌群受到直接攻击时，这种作用机制特别有用，比如在抗生素使用或化疗期间发生的攻击。
2、益生菌可以通过分泌抗菌化合物来抑制病原微生物的毒性作用。
3、益生菌可以用来训练和平衡整个身体的免疫系统。例如，使用益生菌可以减少过敏反应和炎症的发生，改善某些食物的耐受性，增加免疫球蛋白A（IgA）的分泌。
4、益生菌还能产生对肠道有直接益处的化合物。这些有益的化合物包括短链脂肪酸，它有助于保持健康的结肠pH值。某些种类的益生菌也与多胺的释放有关，这有助于恢复正常的肠道结构。
5、益生菌具有抗炎症的活性。
7、益生菌可以通过降低肠道内过度敏感神经的反应性，从而降低肠道敏感性，也叫内脏超敏反应。
8、益生菌能增强肠道屏障功能，抵御外来入侵者。
9、益生菌可以改变大脑生化和平衡情绪。
10、益生菌能改变新陈代谢。
虽然益生菌的使用与各种健康益处有关，但对某些人来说，摄入这些微生物可能会产生一些的副作用。当第一次服用益生菌时，有些人可能会会出现腹胀、腹泻、头痛、发烧、肌肉疼痛、脑雾和/或焦虑等症状。有人认为这些症状是你的身体告诉你体内正在发生变化的一种方式，比如病原体的死亡或肠道反射的唤醒，称这种现象叫做赫氏消亡反应。
这通常只会影响一小部分人，症状很轻微，通常只会持续几天到几周。如果这些症状让你变得不太舒服，可以减少剂量或停用几天再试；如果这些症状持续超过几周，应停止使用；如果你有呼吸急促，喉咙发紧，荨麻疹或其它过敏反应的症状，请立即停止使用。为了减少副作用的可能性，特别是对那些消化系统敏感的人来说，明智的做法是先服用少量的益生菌，然后在几周内增加剂量。
有严重免疫缺陷和对益生菌过敏的特殊人群应该特别注意，有严重免疫缺陷的人服用益生菌后有一定低几率产生由于益生菌而引起的感染，而过敏限于一些特殊的益生菌，如布拉酵母菌为主的酵母类益生菌，乳酸菌并未发现存在过敏现象。
一些益生菌可以在消化道内产生组胺，过量的组胺释放可导致发痒、泪液分泌增加、流鼻涕、呼吸困难、发红和肿胀等症状，尤其是那些组胺不耐受的人需要注意避免食用这些益生菌菌株，防止身体产生不适。
益生菌的作用是具有高度菌株特异性的，这意味着来自同一种细菌的不同菌株可能有着不同的治疗效果。
很多人可能认为了解益生菌到菌种的水平就足够了，比如前面我们所列举的可食用菌种名单就是到菌种的水平，但其实了解具体的菌株也是至关重要的，这往往决定了其功能。
例如，在国家批准的可用于婴幼儿食品的菌种名单中包括发酵乳杆菌CECT5716、瑞士乳杆菌R0052等就是到菌株的水平，这意味着并不是所有发酵乳杆菌和瑞士乳杆菌都是一样的，都可以用于婴幼儿食品，只有CECT5176和R0052这特定菌株可以。
这就好比现实生活中狗有许多不同的品种，比如吉娃娃、贵宾犬、哈士奇、藏獒等，它们都属于同一个物种，但是属于不同的品种，其体型和个性等都各不相同。
益生菌也是如此，同样都是瑞士乳杆菌，不同菌株的功能也可能明显不同。
肠道菌群是一个微妙而复杂的生态系统，对健康有很多好处。服用益生菌补充剂或食用发酵食品有一定的帮助，但我们的生活方式、环境、饮食和药物对我们的肠道菌群影响更大，有时它们甚至会对我们的肠道益生菌产生负面影响。
以下是肠道益生菌被破坏的一些常见方式：
抗生素使用
食物中毒
压力
不健康的饮食和过量糖的摄入
抗酸药、非甾体类消炎药等药物
缺乏运动
酒精
吸烟
糟糕的睡眠
过度洁净的生活
这些行为不仅直接破坏肠道益生菌，即使是补充益生菌，这些行为也势必让益生菌的作用大打折扣。所以，如果您在尝试通过益生菌来改善自己的身心健康而发现没有明显的效果时，想想自己是否有一些不良的生活习惯和饮食习惯，改变这些行为，你可能将逐渐感受到这种改变以及益生菌给您带来的身心愉悦。
1、确保它具有益生菌的一些理想特征
理想的益生菌特征包括：
能够耐受胃酸和胆盐而到达下消化道
能够黏附到肠道黏膜
能够定殖到肠道
能够产生抗菌化合物
能够对抗病原微生物
临床安全
具有有益健康的临床记录
充足的保质期和稳定性
在上述特征中，选择益生菌补充剂时应考虑的最重要的特征包括：
益生菌在上消化道存活的能力（耐胃酸和耐胆盐的能力）
益生菌黏附到肠道细胞的能力
益生菌暂时在肠道定殖的能力
任何经科学证明的产品中所含菌株的健康影响
2、确保所使用的菌株是经过研究的菌株
我们需要明白，细菌的菌株决定了它的治疗效果。所以，我们在选择益生菌产品时，最好选择明确标明了产品中所使用的益生菌所属种和特定菌株的产品。
比如我们前面提到的可用于婴幼儿食品的菌种名单中，不是所有的发酵乳杆菌都是CECT5716，不是所有的瑞士乳杆菌都是R0052。
3、避坑指南
在选择益生菌产品时，应该注意以下最常见的危险信号：
当产品标签没有明确列出所使用的益生菌菌株时
当产品使用其它类似菌株的研究结果套用到自己所使用的菌株时
当产品的活菌数量过低时
当产品的活性不能很好的维持并保证到保质期结束时，比如有的产品可能注明是出厂时的活菌数
总之，选择正确的益生菌产品应确保它拥有一些最重要的益生菌特征，确保它有研究数据的支持，并注意避坑。
总而言之，益生菌是一种神奇的微生物，如果使用得当，可以为我们带来健康益处。随着越来越多的研究开始了解益生菌的使用如何改善不同的健康问题，我们能够更好地匹配哪些益生菌菌株最适合帮助特定的健康状况。正如前面提到的，识别哪种益生菌菌株最适合我们的健康问题，这是至关重要的。
我们身体所携带的微生物与人体之间的复杂相互作用负责保持我们健康的微妙平衡。在疾病状态下，合理利用益生菌结合健康的饮食和生活方式，可以帮助我们重建肠道菌群花园，可能帮助我们远离疾病、重获健康；在健康状态下，它们也可以帮助我们的肠道菌群花园茁壮生长，为我们的健康保驾护航。