采用什么样的取样方案主要取决于检验的目的．例如用一般的食品的卫生学微生物检验去判定一批食品合格与否；查找食物中毒病原微生物；鉴定畜禽产品中是否含有人兽共患病原体等等。目的不同，取样方案也不同。
1．食品卫生学微生物检验的取样方案
(1)ICMSF的取样方案
国际食品微生物规范委员会(简称ICMSF)的取样方案是依据事先给食品进行的危害程度划分来确定的，将所有食品分成三种危害度
I类危害：老人和婴幼儿食品及在食用前可能会增加危害的食品；
Ⅱ类危害：立即食用的食品，在食用前危害基本不变；
①二级法：设定取样数n，指标值m，超过指标值m的样品数为c，只要有c个样品的结果大于或等于m，就判定整批产品不合格。
②三级法：设定取样数n，指标值m，附加指标值M，介于m与M之间的样品数c。只要有一个样品值超过M或C规定的数就判整批产品不合格。
(2)美国FDA的取样方案
2．食物中毒微生物检验的取样
当怀疑发生食物中毒时，应及时收集可疑中毒源食品或餐具物、粪便或血液等。
3．人畜共用病病原微生物检验的取样
当怀疑某一动物产品可能带有人畜共患病病原体时，应结合知识，采取病原体最集中、最易检出的组织或体液送实验室检验。
食品微生物检验采样方法
按照上述采样方案，能采取最小包装的食品就采取完整包装按无菌操作进行。
不同类型的食品应采用不同的工具和方法：
①液体食品，充分混匀，用无菌操作打开包装，用100ml无菌注射器抽取，注入无菌盛样容器。
②固体样品，大块整体食品用无菌刀具和镊子从不同部位割取，割取时应兼顾表面与深部，并注意其代表性，小块大包装食品应从不同部位的小块上切取样品，放入无菌容器。
③冷冻食品，大包装小块冷冻食品按小块个体采取，大块冷冻食品可以用无菌刀从不同部位削取样品或用无菌小手锯从冻块上锯取样品，也可以用无菌钻头钻取碎屑状样品，放入盛样容器。
a．车间用水：自来水样从车间各水龙头上采取冷却水。
b．车间台面、用具及加工人员手的卫生监测：用5cm2孔无菌采样板及5支无菌棉签擦拭25cm2面积《若所采表面干燥，则用无菌稀释液湿润棉签后擦拭，若表面有水，则直接用棉签擦拭》，擦拭后立即将棉签头用无菌剪刀剪入盛样容器。
c．车间空气采样：直接沉降法。将5个直径90mm的普通营养琼脂乎板分别置于车间的四角和中部，打开乎皿盖5min，然后盖盖送检。
食品微生物检验的样品处理
样品处理应在无菌室内进行，若是冷冻样品必须事先在原容器中解冻2℃一5℃不超过18h或45℃不超过15min。
一般固体食品的样品处理方法有以下几种：
1．捣碎均质方法
将100g或100g以上样品剪碎混匀，从中取25g放入带225mI稀释液的无菌均质杯中8000~10000r／min均质1min~2min，这是对大部分食品样品都适用的办法。
2．剪碎振摇法
将100g或100g以上样品剪碎混匀，从中取25g进一步剪碎，放入带有225mL稀释液和直径5mm左右玻璃珠的稀释瓶中，盖紧瓶盖，用力快速振摇50次，振幅不小于40cm。
3．研磨法
将100g或100g以上样品剪碎混匀，取25g放入无菌乳钵充分研磨后再放入带有225mI无菌稀释液的稀释瓶中，盖紧盖后充分摇匀。
4．整粒振摇法
有完整自然保护膜的颖粒状样品(如蒜瓣、青豆等)可以直接称取25s整粒样品入带有225mL无菌稀释液和直径5mm左右玻璃珠的无菌稀释瓶中，盖紧瓶盖，用力快速振摇50次，振幅在40cm以上。冻蒜瓣样品若剪碎或均质，由于大蒜素的杀菌作用，所得结果大大低于实际水平。
5.胃蠕动均质法
这是国外使用的一种新型的均质样品的方法，将一定量的样品和稀释液放入无菌均质袋中，开机均质。均质器有一个长方形金属盒，其旁安有金属叶板，可打击塑树袋，金属模板由恒速马达带动，作前后移动而撞碎样品。
样品的送检与检验
(1)采集好的样品应及时送到食品微生物检验室，越快越好，一般不应超过3h，如果路途遥远，可将不需冷冻的样品保持在1℃一5℃的环境中，勿使冻结，以免细菌遭受破坏；如需保持冷冻状态，则需保存在泡沫塑料隔热箱内(箱内有干冰可维持在0℃以下)，应防止反复冰凉和溶解。
(3)检验人员接到送检单后，应立即登记，填写序号，并按检验要求放在冰箱或冰盒中，并积极准备条件进行检验。
(4)食品微生物检验室必须备有专用冰箱存放样品，一般阳性样品发出报告后3d(持殊情况可适当延长)方能处理样品；进口食品的阳性样品，需要保存六个月方能处理，每种指标都有一种或几种检验方法，应根据不同的食品、不同的检验目的来选择恰当的检验方法。