监管能力不强。基层局监管人员在食品生产、餐饮服务等领域的专业知识相对欠缺，监管能力有待加强。地方政府在每个行政村虽设立了一名食品安全协管员，承担农家宴登记备案、信息报送、隐患排查、宣传引导等职责，但其人员大多数是兼职，工作难免流于形式。
监管手段不高。目前，基层行政执法一直沿袭过去的监管办法，监管方式单一，主要根据上级机构安排布置任务、专项整治活动和集中整治工作，或者群众举报进行监督检查，导致执法成本高、工作效率低，现代化、科学化、信息化水平不高，制度化、规范化、程序化不实，监管工作的及时性、准确性和有效性不高。同时，基层监管机构执法装备保障不够，执法车辆少、人员少，制约了监管工作的顺利开展。检验检测技术手段落后，难以应对层出不穷的新技术、新产品、新业态所带来的新挑战。
法律的宣传和适用难度较大。一是食品经营者规范经营意识差。农村经营户存在经营者年龄大、文化水平低、法律意识淡薄、经营场地和经营设施简陋、规模小等特点。二是消费者对食品安全意识不强，维权意识差。农村群众对食品的安全意识普遍不强，尤其是一些年纪大、文化程度低的消费者，对假冒伪劣食品缺乏辨识力，认识不到劣质食品对人体的危害，或贪图便宜，从而被不法经营者利用，导致过期、劣质食品在市场屡见不鲜。三是新修订的《食品安全法》出台之后，在处罚幅度这方面，全面加大处罚力度，大部分违法行为的处罚起点由过去的2000元提升到5万元，较严重的违法行为起点为10万元，这对于食品违法行为起到了震慑作用，但对于一些危害后果轻微、非主观故意的违法行为，不符合过罚相当原则，而且农村地区的经济条件相对落后，店里食品货值加起来有的也只不过几百元，执行难度太大。
强化多方共治
落实属地管理责任。落实“党政同责”要求，将食品安全列入政府年度目标考核，加快乡镇食安办规范化建设。进一步强化食品安全地方政府负总责的意识，深刻认识农村食品安全工作的重要性和紧迫性，形成“政府统一领导、部门依法监管、企业严格自律、社会广泛参与”的工作格局，健全监督管理考核机制，将监管工作层层分解落实，严把食品质量关，从上至下、从农田到餐桌全方位监管，一是加强食品源头污染整治，宣传推广合理使用农药、化肥、兽药、饲料添加剂等，保证粮食、蔬菜、畜禽的质量；二是加强农村食品生产环节整治，加强食品生产加工企业的日常监管，建立完善企业档案，做到“一户一档”；三是加强农村食品流通环节整治，严把进货关，建立索票索证制度，严厉打击制假售假行为；四是加强农村餐饮业整治，改善卫生环境，严格加工环节，加强宣传指导，提高卫生意识，加大“明厨亮灶”工作推进力度，保证食品安全；五是加强快检和法检的针对性有效性；六是加强对食品安全协管员的管理培训，建立奖惩机制，充分调动工作积极性。