基因检测范例6篇

事实上,转基因食品并非是一个新鲜的话题。中国进口转基因大豆的历史已经长达16年之久。早在1997年,中国就开始进口转基因大豆。而此次中国政府迅速批准了这三种转基因大豆的进口,再一次使这个问题成为舆论的焦点。

转基因食品法规有待健全

一般而言,转基因产品的准入制度,既是生态环境和人类健康的负责,也是一道贸易壁垒,保护本国的农产品。但是,与这种惯例相悖的是,中国转基因大豆的进口并没有受到影响,除了2002年,大豆的进口略有下滑后,此后的10年内,大豆的进口量一路高歌猛进。2010年、2011年、2012年,大豆的进口量分别达5480万吨、5183万吨、5838万吨。与此同时,国产大豆的年产量一直徘徊在1200吨左右。

2001年之后,中国开始建立转基因产品的进口规则,先后出台了《农业转基因生物安全管理条例》和《农业转基因生物进口安全管理办法》。

根据规则,国外的转基因产品供应商只有从农业部获得安全证书之后,才能进入中国市场。这张安全证书有有效期,大豆和玉米只有3年的有效期,棉花有5年,过期作废。

出于减少贸易摩擦和技术的考虑,农业部在2002年3月、2002年10月和2003年7月,三次推迟了安全证书制度的施行,境外的转基因公司仍然可以凭借临时证明继续出口转基因产品。

直到2004年2月,转基因产品才有了准入制度。2004年2月第一批拿到安全证书的5种转基因产品来自孟山都公司,分别是一种转基因大豆、两种转基因玉米和两种转基因棉花。

相比较而言,国外的法律法规对于转基因产品的批准则谨慎得多。例如,美国转基因生物的释放和注册,都要环境影响报告,转基因食品上市前需接受公众评议。美国环境署的生物技术科学顾问委员会会议面向公众开放,并将会议记录也会在网上公布。

欧盟也是如此。欧盟食品安全管理局对新的转基因产品出具评估报告之后,欧盟委员会将评估报告公布在网络上,接受为期一个月的公众评议。

各国法规不尽相同

根据我国《农业转基因生物安全管理条例》,输出国家或地区已经允许作为相应用途并投放市场,是我国申请进口用作加工原料的转基因生物安全证书的前提条件之一。农业部近日批准的3个大豆品种除输出国已批准相同用途外,也在多个国家获得批准。

据悉,其中巴斯夫农化有限公司抗除草剂大豆CV127,已在美国、加拿大、日本、韩国、澳大利亚、新西兰、菲律宾、墨西哥、哥伦比亚、俄罗斯、南非、巴西、阿根廷等国家批准用于商业化种植或食用;孟山都远东有限公司抗虫大豆MON87701,已在美国、加拿大、日本、欧盟、墨西哥等地批准用于商业化种植或食用;抗虫耐除草剂大豆MON87701×MON89788已在欧盟、韩国、墨西哥、阿根廷、巴西、巴拉圭等地批准用于商业化种植或食用。

最新全球转基因作物年度报告表明,到目前为止,全球有59个国家或地区批准了两千余项转基因作物申请,这其中食品项目几乎占了一半,远超饲料等其他用途。

以美国为例,美国国内销售的含转基因成分的食品已超过5000种,许多品牌的面包、薯片、蛋糕、番茄酱、鲜食木瓜、酸奶、奶酪等或多或少都含有转基因成分。在美国,转基因食品必须经过食品药物管理局和美国农业部的批准。很多国家会对转基因食品贴上标签,标明这是转基因食物,不过在美国,这方面没有做强制的要求,他们认为默认经过批准的就是安全的,对贴标签是以自愿为主的指导方针。

健全转基因食品监测评估体系

目前,国际消费者协会将各国转基因标志政策划分为3类,一是全面强制性标志,如欧盟对转基因产品实行从农田到餐桌的全过程管理;二是部分强制性标志,如澳大利亚、新西兰、日本、泰国和中国;三是自愿标志,如美国、加拿大和阿根廷。

一乙型肝炎病毒DNA(HBV-DNA)测定

乙型肝炎是由乙肝病毒引起的以肝脏损害为主要临床特征的急、慢性传染病,严重者可发展成慢性肝炎、肝硬化和肝癌。在我国,乙肝是危害人类健康的一种主要传染病。

【参考值】

阴性(Taqman荧光定量PCR技术)

【临床意义】

1.HBV-DNA是乙型肝炎病毒感染的直接证据,是HBV有活性复制能力及具传染性的确切标志。

2.可定量检测HBV-DNA含量,为临床病情判断、疗效观察提供信息。

3.HBV-DNA的出现先于其他血清学指标(如HBsAg),可早期诊断HBV感染。

4.正常人HBV-DNA为阴性。当HBV-DNA为101~104拷贝/ml时,表明病毒复制水平低,传染性较弱;而当HBV-DNA>104拷贝/ml时,表明病毒复制水平高,传染性强。

5.HBV-DNA含量测定可为临床药物选择提供依据。

【注意事项】

1.标本可用血清或血浆,避免肝素抗凝,避免反复冻融。

2.标本室温放置不超过4小时。

3.溶血、高胆红素标本影响检测结果。

二其他病毒DNA测定

(一)人瘤病毒DNA(HPV-DNA)检查

阴性(多重核酸荧光定量PCR技术)

1.HPV难以用传统的病毒培养及血清学技术检测,目前主要采用分子生物技术检测HPV-DNA,灵敏度高。

2.可对尿道、阴道、宫颈脱落细胞进行人瘤病毒的检测及分型,判断体内HPV感染状况。

4.HPV-DNA检测可用于考核疗效与预后。

1.用无菌拭子取尿道、阴道、宫颈分泌物于无菌试管或无菌瓶中。

2.标本采集应严格按无菌操作,避免污染。并及时送检。

(二)人类巨细胞病毒DNA(HCMV-DNA)检查

HCMV是疱疹病毒科成员,人类普遍易感,多为隐性或潜伏感染。在免疫功能低下、缺陷或抑制情况下,可发生成人HCMV感染,常呈弥漫性病变,严重者甚至死亡。

阴性(荧光探针杂交PCR技术)

1.用于临床HCMV感染的快速诊断。

2.用于临床免疫抑制治疗过程中体内HCMV感染的快速诊断与疗效监测。获得性免疫缺陷综合征等患者HCMV感染的诊断与疗效监测。

3.PCR技术检测HCMV的敏感性高,且HCMV-DNA的出现早于临床症状或血清学标记物的出现,可早期诊断HCMV感染。

4.妊娠早期感染HCMV可引起胎儿先天畸形,产前检测HCMV-DNA有利于优生优育。

5.连续监测巨细胞病毒的含量变化可了解病毒的复制状况,从而为疾病的早期诊断与药物疗效提供直接的病原学依据。

采用EDTA抗凝全血或脑脊液标本,采集后及时送检。

(三)单纯疱疹病毒DNA(simplexherpesvirus,HSV-DNA)

单纯疱疹病毒是一种有囊膜的双股DNA病毒,分为I型和II型。近年来,HSV是性传播疾病、病毒性脑炎等疾病的重要病原体。

阴性(荧光探针PCR技术)

1.用于检测人血清样本或体液样本中的单纯疱疹病毒并可同时分型,辅助诊断HSV感染性疾病。

2.HSVI型感染主要引起口唇疱疹、疱疹性结膜炎、脑炎和皮肤性疱疹,HSVII型主要引起生殖器疱疹,HSV-DNA检测可辅助诊断上述疾病,并可用于考核疗效与预后。转贴于

1.血清用无菌注射针头抽取静脉血2ml于无菌肝功管中。

2.分泌物用无菌棉拭子采集标本,女性取宫颈或阴道分泌物,男性取或前列腺液,将取样后的棉拭子放入无菌试管或无菌瓶中。

3.脑脊液抽取脑脊液于无菌玻璃瓶中。

(四)EB病毒DNA(EBvirus,EBV-DNA)

EBV属于丫疱疹病毒科,主要经涎液传播,PCR技术可灵敏地检测出标本中的EBV-DNA,满足临床诊断、治疗需要。

1.可快速检测血液、脑脊液、组织、尿液中的EB病毒,为EB病毒感染提供直接证据。

1.检测标本可采用EDTA抗凝全血、脑脊液、咽拭子、尿液、病变组织等。

2.标本采集时严格按无菌操作,并及时送检。

三RNA病毒测定

丙型肝炎病毒RNA(HCV-RNA)检测

丙型肝炎病毒是一种单链正股RNA病毒,引起丙型病毒性肝炎。丙型病毒性肝炎多因输血或血制品而引起,在输血者中还存在无症状的HCV携带者。

阴性(RT-PCR,荧光定量PCR技术)

1.有助于HCV感染的早期诊断。

2.HCV-RNA阳性提示HCV复制活跃,传染性强。

3.HCV-RNA转阴提示HCV复制受抑,预后较好。

4.连续观察HCV-RNA,结合抗-HCV的动态变化,可作为丙肝的预后判断和干扰素等药物疗效的评价指标。

1.标本可用血清或血浆,用无菌注射针头抽取静脉血2~3ml于无菌肝功管或EDTA抗凝管中送检。避免肝素抗凝,避免反复冻融。

参考文献

关键词:粗糙集;概念格;属性约简;异常检测

AnomalyGeneDetectionBasedonRoughSetandConceptLattice

LIChao,SONGYan-pei,LIYi-zhe,WUWan-tao

(CollegeofComputerandInformationTechnology,HenanNormalUniversity,Xinxiang453007,China)

Abstract:Inthedataanalysis,roughsetsusedtosolvingthereductionofredundantattributesandseekingtheminimumsetofattributes.However,Theconceptlatticeisanimportantwaytoaddressthecomplexityofconceptualknowledge.Thepaperfirstusetheknowledgeoftheconceptlatticetocharacterizesomeconceptandnatureoftheroughsetsandestablishcontactforthem.Usingtheimproveddistinguishedmatrixofroughsetstotheattributereductionoftheconceptlatticeandfinallythroughtheanomalydetectionalgorithmtoextracttheabnormalgene,theresultprovesthatthemethodiseffectiveandfeasible.

Keywords:RoughSet;Conceptlattice;AttributeReduction;Anomalydetection

粗糙集理论是一种新的处理模糊和不确定知识的软计算工具,是一种重要的数据库知识发现方法[1],它的基本思想是通过案例库的分类归纳出概念和规则,通过案例库的条件特征变量将案例库分类而形成概念,并通过生成的概念去研究目标特征,从而得到关联规则,其理论基础是等价关系[2]。

概念格也叫形式概念分析,是一种根据对象和属性之间的二元关系建立起来的一种概念层次结构,从数据集中生成概念格的过程实际上是一种概念聚类的过程[3]。

1基本知识与联系

1.1粗糙集基本知识[5]

经典的信息表可以用一个四元组来形式化描述,设T=()U,A,V,f表示一个信息表,其中,U表示有限非空的对象集合,即论域;A是有限非空的属性集合;V对应每一个属性a∈A的非空值域;f是一个信息函数,通过这个函数,论域中的每一个对象都有V中唯一的值与之相对应。信息表中,如果A={}

C{}

r,则r是A中可省略的,否则称r是A中不可省略的。如果A

中的任何一个属性都是A中不可省略的,则A是独立的。定义3信息表T=()

1.2概念格的基本知识[4]

定义1形式背景:称()

1.3粗糙集和概念格的联系

定理一概念格中的每个结点都是粗糙集中一个等价类,并且每一个结点是一个具有最大共同属性的对象集合。由于概念格的形式背景是二值的,而建格时针对的是属性值而不是属性,格中结点包括两部分,表示为属于这个概念的所有对象以及这些对象的所共有的属性的集合,根据等价类的概念可知格中节点就表示一个等价类:UR={}

2基于粗糙集理论的概念格约简

根据以上的理论,我们可以的得到基于粗糙集理论的概念格约简算法;

输入:概念格背景数组

输出:概念格内涵约简集

Begin:

约简集为空;

Fori=1:n-1(n为对象的总个数){Forj=1:n

{比较对象的每个属性值;

If对象xi,xj在属性k的值不等then相应的属属性间取运算;endIf

与下个j值的属性集合取运算;

化简得到约简集;

检验每个约简集下对象的取值情况;If约简集是某个对象属性值为空

Then删除该集合;

Else

3异常检测

3.1异常的定义

对于异常数据,Hawkins的定义是,“异常就是在数据采集中与众不同的数据,使人怀疑这些数据并非随机偏差,而是产生于完全不同的机制。”这个定义说明,异常数据是少量的,与众不同的,与大多数数据相比是有“偏差”的,而且产生这种“偏差”的原因不是随机的,而是由更深层次的必然原因,它产生于完全不同的机制。

3.2异常检测算法

从技术原理上看,异常检测算法可以划分为,基于统计的方法,基于距离的方法,基于密度的方法,基于偏离的方法和基于聚类的方法。该文采用的异常检测算法结合了“基于距离”和“基于聚类”,首先采用TwoStep算法[8]对数据进行聚类分析,将数据划分为若干聚类,然后对每一个样本,计算与其最近的聚类距离,并根据距离大小计算一个“异常指数”,通过设定异常指数的阈值,从而检测异常数据。该算法完成两个任务,第一,从约简后的数据集中确定异常样本,第二,对于每一个异常样本,分析导致该样本为异常样本的属性基因。

Step1modeling:用聚类的方法对约简数据集进行分析;

Step2scoring:对每一个样本,计算它与所在聚类的距离,从而计算异常指数(AnomalyIndex);

AnomalyIndex=

Step3reasoning:对于每一个异常样本,计算其每一个属性的“变量偏离指数”(VDI,VariableDeviationIndex)和“组偏差指数”(GDI),通过对VDI和GDI的分析,确定异常属性基因。

4实验结果

根据以上算法研究,在Lymphoma和LiverCancer数据集中(如表1所示),首先采用基于粗糙集的概念格约简算法对数据进行约简,而后采用异常检测算法,对异常基因进行提取,通过和经典的约简算法及致病基因提取算法相比较,得出更加令人满意的结果,如表2。

表1两个基因表达数据

5结束语

该文介绍了粗糙集和概念格的基本知识,并利用二者的结合点对基因数据进行了属性约简,提高了约简的效率。鉴于基因表达数据属性很多,而导致致病基因数据少的特点,并没有对每个表达基因进行检测,而是采用了异常基因检测的方法,结合属性约简的基因数据,取得了相对于单独使用粗糙集和概念格较好的准确性,这表明基于粗糙集和概念格的异常基因检测方法可以成为生物信息研究领域的有力工具。

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关键词:运动医学;基因兴奋剂;基因治疗;运动能力;综述

Reviewoftheapplicationofgenestimulanttestmethodsandtechnologies

LIUFeng-jun1,LUHong-mei2,XIONGZheng-ying1

(1.SchoolofPhysicalEducation,ShaanxiNormalUniversity,Xi’an710062,China;

2.SchoolofPhysicalEducationAnyangNormalInstitute,Anyang455002,China)

Abstract:Withthesuccessfulapplicationandconstantperfectionofgenetherapytechnologies,genestimulantswillbecomenewthreatstothesportscommunityandtheWorldAnti-DopingAgency(WADA).Therefore,developingpracticallyfeasiblegenestimulanttestmethodsisthegoaltobeachievedjointlybyscientistsincountriesallovertheworld.Onthebasisofsummarizingachievementsmadebypredecessors,theauthorsgaveanoverviewofthetestingofgenestimulantsintermsofgenes,proteins,carriersandimmunereactions,andexpectedtheapplicationofnewtechnologiesinthetesting.

Keywords:sportsmedicine;genestimulant;genetherapy;sportscapacity;overview

1基因兴奋剂的检测

1.1基因水平的检测

因为cDNA中没有内含子,所以有可能把编码转基因蛋白的mRNA反转录得到的cDNA从自身的DNA序列中区分出来。转基因序列构建的任何非人类起源序列或异常序列在理论上都可以由PCR检测到,事实上由于自身多种多样的调整基因序列和其它序列可能被并入转基因中,此时检测到的转基因不一定是由基因兴奋剂引起的,所以这一检测结果并不准确。为了进一步区分转基因,需要设计和实施大量的分子测试,这将耗费大量的人力、物力和财力。如果有一个条码系统(bar-cordingsysterm),类似于跟踪基因改造的农产品,将会很容易识别转基因序列[4]。探寻转基因还可以使用以DNA为基础的生物传感器,能够从内源性DNA序列中选择性分辨转基因的cDNA序列,这需要开发合适的探针。例如,针对转基因cDNA序列和内源性外显子结合序列的特异性单链DNA探针,将其固定在传感器表面,这样只有样品中存在与固定探针相结合的目的cDNA时,杂交反应才能发生。带有cDNA的样品与探针发生积极的反应就能够确定转基因的存在[5]。通过将不同的探针固定于传感器的表面,可以实现对多个基因序列的同时检测,从而使生物传感器技术在检测基因兴奋剂中发挥更重要的作用。

1.2转基因蛋白的检测

在基因治疗中,监视基因转移和随后的表达通常是通过检测转基因产物或载体组件来完成的。基因治疗通常是取代有缺陷的基因,因此几乎没有内源性蛋白表达升高。在基因兴奋剂中,转基因不会取代缺陷基因,因此转基因蛋白的检测可依靠转基因翻译后修饰的细微变化或者蛋白质表达水平的变化。下面以EPO和GH为例。

1.3载体检测

1)非病毒载体检测。

在循环系统中测量pDNA(质粒DNA)的机率很小,因为pDNA在血浆中的半衰期很短,被血浆核酸快速降解,由肝细胞清除,然而在毛细血管床内保持良好。在小鼠静脉中注射pDNA30min以后,在血浆中只有0.3%到13%的pDNA被检测到(这取决于pDNA的表达)[9]。Parker等[10]发现在静脉内注射pDNA2d后,血液中的含量非常低,然而4周后就检测不到了。在肌肉注射后,pDNA限制在注射位点长期持续存在。在一项对肌肉萎缩的临床研究中,肌肉注射载体3周后用肌肉活检在注射部位检测到质粒骨架(plasmidbackbone)[11]。

2)病毒载体检测。

(3)反转录病毒载体(Retrovirusvectors):反转录载体通常用于离体基因治疗,在这种情况下,转移进受试者体内后载体的分布局限于离体工程细胞。在体内应用后,有关RV载体分配和脱落的有价值的数据非常的有限。在对血友病A患者的临床试验中发现:携带凝血因子ⅧcDNA的RV载体在静脉注射后能够长期(一年)持续存在,在75%的测试样品的PBMC中都发现了载体DNA[16]。在大鼠肌肉内注射慢性病毒(LV)载体后14个月,注射肌肉部位能检测到转基因表达[17]。

通过检测载体的存在来判断是否使用了基因兴奋剂应该是一个理想的方法,但因为目前有关基因治疗载体在人体内分布状况的报道很少,对基因治疗后载体的具体分布还不是很清楚,甚至有些基因治疗不需要载体。有些载体由于自身的特点不适合作为检测目标:化学载体能够迅速分解并且注射位点难以确定,若使用“易分解的”病毒载体作为基因治疗载体,不久就迅速降解,病毒蛋白很少甚至并不表达。随着基因治疗技术的发展,对载体不断的优化和更新,通过载体来检测基因兴奋剂似乎变得更加困难。

1.4载体的免疫反应的检测

1)病毒载体。

AAV载体诱发的先天性免疫反应的范围比Ad载体小,对AAV载体的适应性细胞介导的反应也大大弱于Ad载体,这归因于它不能有效的感染APC(抗原呈递细胞)。AAV载体介导的基因转移后细胞免疫反应水平低在一些试验中已经被证实了[19]。

反转录病毒(RV)载体主要用于离体治疗,因此RV载体引起的免疫主要是针对转基因蛋白或载体中的独立蛋白。与Ad载体和AAV载体相比,RV载体引发的炎症和先天性免疫反应非常低。在小鼠静脉内注射LV载体不会引发细胞介导的抗病毒的炎症反应[22]。

2)非病毒载体。

源于细菌的质粒DNA能够激活先天性免疫,是因为与真核细胞DNA相比,它的DNA双链中含有丰富的非甲基化的CpG序列。脂质体包埋的siRNA(短链干扰RNA)在特定的序列方式下也可以引发先天性免疫反应。质粒DNA几乎不能引起体液免疫反应,在小鼠肌肉内注射不同类型的质粒载体不能引起抗双链DNA抗体水平的升高[23];在兔子的肌肉或静脉内注射质粒载体后,没有检测到抗体;在肌萎缩症患者肌肉内注射抗肌萎缩蛋白质粒后,检测不到双链DNA抗体[10]。

由以上信息可知:由于载体引起的免疫反应通常是短暂和温和的,Ad载体除外,针对基因转移的先天性免疫反应在基因兴奋剂的检测中用途是有限的。Molnar-Kimber等[24]的研究结果表明:即使使用Ad载体,分析细胞介导的免疫反应也不能足够地确定基因转移。先天性和细胞介导的自适应性免疫反应对其它检测指标可能具有补充作用,然而区分基因转移引起的特定免疫反应和自然接触到的病毒、细菌和其它无关刺激引起的免疫反应是至关重要的。pDNA和转基因蛋白引起的免疫反应作为基因兴奋剂的检测目标不可能有太大的利用价值。

2新技术在基因兴奋剂检测中的应用

2.1基因表达谱

基因表达谱是通过核酸微阵列技术在成千上万的基因中测定mRNA的浓度实现的。基因表达谱常被称为是某一生理(病理)现象的“分子图像”。这类复杂的“分子图像”,可用于同时检测成千上万个基因的表达水平,再经专门的计算机软件解读出来。研究人员通过比较源于不同条件下的“分子图像”的结果,可以识别出基因兴奋剂的标志物。用表达谱芯片对大量的基因进行分析研究是不现实的,剔除无用的基因减少被研究的基因的数目是研究人员所希望的,功能分类基因芯片很好地解决了这一难题。功能分类基因芯片上通常只有几百个或更少的基因,这些基因包括了那些与研究对象有确定关系的基因,或至少是与研究对象的关系有待考证的基因。但是这是一项新技术还有很多不完善的地方,特别是在数据分析方面、不同系统和平台之间的标准化和可比较性。因此首先应在体外细胞培养系统和动物模型进行研究。

2.2蛋白质谱

2.3代谢谱

2.4活体内非入侵性成像

在基因治疗研究中,活体成像是监测基因表达的另一种方法。无论是以光学、磁共振还是核素显像为基础的活体内成像技术都已经被开发并成功应用于动物模型中。然而只有几种方法可应用于临床,原因如方法的复杂性、可能具有免疫反应、缺乏敏感性和可使用的放射性示踪剂。正电子发射断层成像(PET)和单光子发射型计算机断层扫描(SPECT)两种放射性核素显像技术是最敏感和最适合基因转移研究。PET的体内成像技术可用于人类基因治疗,这在脑胶质瘤的基因治疗中被证实了[28]。检测基因兴奋剂更可行的方法是在转录物或蛋白质水平上检测转基因的异位表达。用以抗体或配体为基础的探针并适合PET或SPECT放射性核素成像,与转基因蛋白在异位位置进行特异性绑定或相互作用。目前正在研究一种成像检测EPO在肌肉组织表达的方法。这种方法是使用以肽核酸为基础的反义寡核苷酸探针标记,它能与EPO的mRNA杂交,然后使用PET或SPECT进行分析。

非入侵性成像也可用于评估转基因表达的间接结果,包括代谢物质的变化、形态学的变化、生理学的变化、炎症和免疫力的激活以及转基因下游途径的调节的变化。磁共振波普学已被应用于检测运动休息期间或恢复后代谢物的变化,使用类似的方法也可以检测基因兴奋剂后代谢物的变化。基因兴奋剂可能与炎症有关联,基因转移引起的细胞介导的免疫反应期间,体内成像可被用于追踪淋巴细胞的募集。此外,转基因下游途径的激活会导致特异酶或受体表达增强,可以针对这些设计成像方式。

新型的技术将用于基因兴奋剂的检测,例如分子成像技术、生物传感器技术以及更加先进的分析软件等。若成功实现这些新技术在基因兴奋剂检测中的应用,将为发展检测方法提供更广泛的途径。

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[25]张海英,唐海桦,梁钢,等.口腔鳞癌亲本细胞株与耐药细胞株蛋白谱差异[J].中国公共卫生,2009,25(9):

二、变异及区域

HBV受自然压力、个体免疫力和药物治疗作用出现变异。HBV有四个开放阅读框架(ORE)即S、C、P、X区。

1、C区变异:用基因芯片检测HBV前C区和C基因启动子(BCP)区4位点突变,发现前C区A1896、前C区A1814、BCP区nt1762、BCP区nt1764突变检出率分别是58.57%、12.86%、54.29%、52.86%。突变的发生依次是慢重肝、慢乙肝重度、中度、轻度,血清病毒标志是HBeAg(-)HBeAb(+)、HBV-DNA定量在104-106copy/ml之间的突变发生率最高。可以解释小三阳DNA阳性之原因:HBeAg前C区A1896位的G变异成A,密码子UGG变为终止UAG,使HBeAg不能合成,但不影响病毒复制。

2、S区变异:前S1有识别功能,前S2是介导受体进入功能。前S区的变异可能是病毒逃避宿主免疫的一种方法,前S区的变异决定不同的HBV亚型。124、131位变异或122-124间插入变异可改变S抗原决定簇的构型,致HBsAg假阴性。145、141、126、133位氨基酸的改变,用常规试剂仍可检出HBsAg,但可能削弱HBsAg的无免疫性,使高效价的乙肝免疫球蛋白或接种诱生的HBsAb难与变异株的HBsAg结合,缺乏中和特性,使HBsAg与HBsAb同时阳性。在HBV-DNA阳性时,无论是乙肝病毒基因变异株或野毒株,前S1抗原是判断乙型肝炎病毒复制的重要指标。

3、P区变异:用微孔板核酸杂交法检测乙肝病毒P基因区变异,突变位点主要位于HBV-DNA聚合的区域(YMDD),M1(蛋氨酸)可被VC(缬氨酸)或IC(异亮氨酸)替代。研究用拉米夫啶(LMV)治疗慢性乙肝而发生耐药的有关变异可见:LMV本身可引起HBV的变异即YMDD变异,用LMV四周后50-70%的病人出现YMDD变异。

4、X区变异:HBV-X蛋白对信号转导通路及细胞凋亡有影响,X蛋白对核转运影响和对线粒体直接作用。X区变异引起X蛋白(HBXAg)过度表达,激活体内癌基因和抑制抑癌基因,导致肝癌的发生。有报导:用聚合酶链反应检测原发性肝细胞癌(HCC)患者癌组织及癌周组织中HBV-X基因,检出率分别为68%和77%。

三、检测

1、大三阳HBV-DNA假阴性的PCR检测可改变引物序列再进行PCR扩增。

2、患者用LMV后,HBV可下降至4*103拷贝/ml以下,如不降或反弹,提示基因突变(P区)。

3、HBV-DNA定量检测随着病变组织的“恶化”,患者HBV-DNA有逐渐下降的趋势,提示预后较差。

四、治疗

1、泛昔洛韦(FAM):其代谢为具抗病毒活性的三磷酸喷昔洛韦,使未成熟的HBV-DNA链合成中断。长期使用也可引起变异。

2、LMV:HBV的YMDD是药物的结合位点,但变异后LMV无效。

3、阿德福韦酯(ADV):只要二磷酸形式就能抑制HBV-DNA的多聚酶,其对FAM和LMV耐药有效。有报导:用核酸序列分析未发现以前己证实的与ADV耐药均有关的A181V/T及rtN236T变异体。但有多个目前未报道的氨基酸替换位点,且服药前均有与LMV耐药性变异有关的rtL180M变异体存在。所以rtL180M替换可能影响ADV的抗病毒疗效,ADV耐药性变异很可能还存在于A181V/T及rtN236T以外的位点,或者是ADV耐药性变异株出现较晚。

4、干扰素和胸腺肽:前面三种是HBV的抑制剂而非病毒清除剂。使用后要通过机体的免疫功能来消除病毒。要注意当变异株与野生株混合感染时,消除野生型的同时使变异株成为优势毒株。故建议使用干扰素或小剂量乙肝免疫球蛋白(HBIG)和LMV或ADV联合用药治疗乙型肝炎,在用HBIG+LMV基础上如再发生YMDD等变异用HBIG+ADV。

二十世纪末,随着我国经济和医疗技术的高速发展,在各级部门的关心下,也为了人民的健康需求,卫生部规定把新生儿接种乙型肝炎病毒疫苗纳入计划免疫的范围。可以预见,我国的乙型肝炎病人总数会大大减少。

[1]小池郎.乙型肝炎病毒所致肝癌.日本医学介绍,1999,(5).

[2]王耀宗.阿德福韦治疗慢性HBV感染的临床研究.国外医学.流行病学.传染病学分册,2001,(04).

【关键词】转基因食品转基因检测DNA提取番茄

由于转基因食品的安全性目前还没有得出明确的结论,其是否对环境和人体有害也是未知的,故转基因产品的存在也有一定的风险性[1]。这份实验研究结果将对消费者了解日常生活中转基因食品种类和比例有所帮助,让人们享有一个知情权,自主地选择是否接受转基因产品。

1材料和方法

1.1材料

从某市各个市场及超市随机购买番茄。

液氮、研钵、1.5mlEP管、恒温水浴锅、离心机、电泳仪、微波炉、凝胶成像系统、PCR扩增仪、高压灭菌锅等。1mol/LTris-HCl(PH8.0)、0.5MEDTA(PH8.0)、CTAB提取液、3mol/L醋酸钠(PH5.6)

1.2方法

1.2.1基因组DNA的提取

参考文献[2]提取基因组DNA。

1.2.2电泳检测

将提取出来的10组DNA产物进行琼脂糖凝胶电泳,用凝胶成像系统观察、照相、记录。检测其是否为DNA以及其纯度如何。

1.2.3对提取产物的PCR检测[3-4]

1.2.3.1设计引物

18S:18SrDNA

CaMV35s:promoterfromcanliflomermosaicvirus,花椰菜花叶病毒35S启动子

NOS:nopalinesynthaselerminator,胭脂碱合成酶3’转录终止子

1.2.3.2PCR反应体系

按照WizardPCRprepsDNAPurificationSystem试剂盒要求进行PCR反应。

2结果

2.1DNA电泳图

从图中(图1-1)可见1-10号样品均成功提取出基因组DNA。

图1-1番茄基因组DNA电泳图

2.2PCR检测

2.2.1内标的检测

分别对番茄样品DNA用18SrDNA引物进行PCR扩增,如果出现预期大小的条带,则说明提取出的基因组DNA能够经过PCR扩增得出特定序列,可进一步用于外源基因检测并进行转基因成分的判定;如果没有出现预期大小的条带,则重复DNA提取,直到扩增出目标条带。本实验分别对番茄样品DNA用18SrDNA引物进行PCR扩增后,均扩增出特异条带且大小与理论值相符,扩增结果如图1-2。

图1-2番茄18s引物PCR扩增电泳图

2.2.2外源基因的检测

对提取出的番茄样品基因组DNA设计适当的引物进行PCR测试,如果待测样品PCR扩增产物的电泳图中出现预期大小的电泳条带,则可初步判定待测样品中含有可疑的外源基因;如果电泳图中未出现预期大小的电泳条带,则可断定待测样品中不含有该外源基因。

下图为番茄NOS扩增图片(图1-3),图中可见1-10号样品均出现了预期的200bp左右的目标条带,与理论的180bp相符,可判定1-10号样品均含有转基因成分。

图1-3番茄NOS引物PCR扩增电泳图

下图为番茄35S扩增图片(图1-4),图中可见1-10号样品均出现了预期的200bp左右的目标条带,与理论的195bp相符,可判定其均含有转基因成分。

图1-4番茄35s引物PCR扩增电泳图

3结论

4讨论

一般而言、对某种物质安全性检测的指标主要包括急、慢性毒性,遗传毒性,致癌,致畸,致突变性等。转基因食品由于在生产设计中是针对食品品质改造或增加已知健康作用的成分,一般来说,安全问题不会太突出。这与从自然条件下经杂交所获得之动植物新品种作为新型食品不存在安全问题的道理是一样的。目前国际上也没有发现人们食用转基因食品后有什么不良反应。但是在科学上,对一种没有表现短期毒性和安全性的食品,则必须观察其远期毒性和安全性问题是否存在,因此,在远期安全性问题未得到明确结论之前,加强对转基因食品的管理是非常重要和合理的。

[1]雷虹.关于转基因食品问题的探讨[J].商场现代化,2008,08(547):57-58.

[2]张莹,张永军,吴孔明等.转基因植物的检测策略和检测技术[J].植物保护,2007,33(1):11-14.

[3]Transformationmethodsandgeneticelementsintroducedintocrops[EB/OL]2/97.

[4]林清,彭于发,吴红等.转基因作物及产品检测技术研究进展[J].西南农业学报,2009,22(2):513-517.

基金项目:宁夏回族自治区区级大学生创新性实验获批项目(宁教函(2010)381号)

THE END
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