案例分享基因检测助力遗传病诊断——遗传性肿瘤

据统计,有40%的人会在一生当中的某个时候得上癌症。这个数字意味着不管你是谁,你住在哪里,你有多高的名声地位,你这辈子一定会和癌症产生交集——也许是你的亲人、你的朋友,或者也许就是你自己。

全世界每年新发现的癌症患者超过1000万人,死于癌症的人也有接近900万。每分钟,中国有8个人被诊断为癌症,有5个人因为癌症而离去。

人们对肿瘤并不陌生,但你知道一些肿瘤的遗传性吗?它们的潜在危险性同样不可小觑。流行病学、统计学、病因学的研究,均已证明肿瘤与宿主的遗传因素有密切的联系。

遗传性肿瘤综合征

遗传性肿瘤综合征(hereditarycancersyndromes)是指由于种系基因突变导致个体具有癌症易感倾向的一类疾病。临床表现特点为肿瘤发生年龄早,双侧或多病灶原发肿瘤,伴各种先天形态学异常或智力低下,并有显著的二次肿瘤发生风险和家族癌症易感倾向。研究显示,在所有儿童肿瘤中,遗传性肿瘤综合征所占比例约为5%-10%,其中以视网膜母细胞瘤最为常见。

种系基因异常与遗传性肿瘤综合征的发生:

目前认为有3类基因可导致遗传性肿瘤综合征:原癌基因、抑癌基因及稳定基因。

原癌基因对细胞生长增殖具有正调控作用,1个等位基因突变就会激活原癌基因,导致细胞增殖过度而引发肿瘤;

抑癌基因对细胞生长增殖具有负调控作用,必须2个等位基因同时失活才会引发肿瘤;

稳定基因包括参与DNA修复的基因以及控制有丝分裂重组或染色体分离的基因,其并不直接涉及细胞增殖的调控,但若发生异常会导致DNA修复缺陷,肿瘤发生的概率增加。

在三种类型基因中,稳定基因和抑癌基因突变导致的遗传性肿瘤综合征最为常见。

主要遗传性肿瘤综合征:

包括神经纤维瘤病Ⅰ型、神经纤维瘤病Ⅱ型、范科尼贫血、着色性干皮病、Turcot综合征、毛细血管扩张共济失调症、Nijemegenbreakage综合征、Bloom综合征、Rothmund-Thomson综合征、Werner综合征、遗传型视网膜母细胞瘤、Rhabdoidtumor综合征、结节性硬化症、髓母细胞瘤、Gorlin综合征、多发性外生骨疣、家族性腺瘤性息肉病、Peutz-Jeghers综合征、幼年性息肉病、Li-Fraumeni综合征、VonHipple-Lindau综合征、Wilms’tumor、WAGR综合征、Beckwith-Wiedemann综合征、SimpsonGolabiBehmel综合征、多内分泌性腺瘤形成Ⅰ型、多内分泌性腺瘤形成Ⅱ型、遗传型神经母细胞等。

临床信息:拟诊神经纤维瘤

检测内容:全外显子组测序

检测结果:检出1个匹配受检者临床表型的致病性的基因变异:

NF1基因IVS10-1G>C杂合变异

变异基因解读:

注:“.”:未提示;“D”:可能有害;人群频率:gnomAD_exome_EAS

1.NF1基因关联疾病表型简介

NF1基因编码神经纤维瘤蛋白1(Neurofibromin1),是Ras信号转导通路的负调控因子。匹配受检者临床表现和家族史,OMIM收录该基因关联疾病表型为:

注:“AD”:常染色体显性遗传。

信息参见:

2.变异位点解析

本样本中检出NF1基因IVS10-1G>C杂合变异(一代测序验证见附录)。该变异已被Clinvar数据库收录,注释为可能致病性的变异。根据ACMG遗传变异分类标准与指南,判定该变异为致病性的变异。

3.遗传咨询建议

受检者样本中检出NF1基因IVS10-1G>C杂合变异,关联多发性神经纤维瘤1型,常染色体显性遗传。本受检者将来婚育,其下一代有50%概率遗传到该变异,建议进行遗传咨询。

4.变异位点一代测序:

受检者:

该位点为杂合变异(NM_000267.3:c.1063-1G>C(IVS10-1G>C)),与二代测序结果一致。

基源小贴士

疾病中文名:神经纤维瘤

疾病英文名:Neurofibromatosis

发病率:1型平均发病率为1/3000-4000;2型平均发病率为1/3.3万

遗传方式:常染色体显性遗传

疾病概述:

神经纤维瘤(NF)分为两型,神经纤维瘤病1型(NF1)是最常见的影响神经功能的单基因病之一,其致病基因是NF1(neurofibromingene),NF1基因编码神经纤维蛋白,负责调控Ras蛋白转导信号。NF1的主要临床特征为咖啡-牛奶斑,眼部Lisch小结和皮肤纤维瘤。

神经纤维瘤病2型(NF2)是由于编码神经纤维瘤蛋白2(也称为merlin)的基因缺陷导致神经嵴细胞发育异常而引起身体多个部位肿瘤生长,从而引发相应症状,常见的临床表现为双侧听神经瘤、多发性脑膜瘤、脊髓背根神经鞘瘤。

表型:

基因型:

致病基因为NF1和NF2基因。

GeneReviews收录该症分子遗传学检测信息如下:

治疗:

NFl患者临床表现干差万别,根据肿瘤和病变的位置和数目,可以选择相应的手术和非手术治疗。如肿瘤过大,妨碍身体活动或面部肿瘤影响容貌,或有压迫症状时,可行手术切除。若肿瘤生长迅速并有剧痛时,应及时切除,以防恶变。

NF2的首选治疗方法是手术,立体定位放疗如伽玛刀也是候选治疗方法。针对儿童患者的放疗需要慎重,以免引起肿瘤恶变、诱发产生其他肿瘤等后果。治疗还应包括针对平衡失调和耳聋的治疗。

基因送检策略:首选二代测序

参考信息:

3.Standardsandguidelinesfortheinterpretationofsequencevariants:ajointconsensusrecommendationoftheAmericanCollegeofMedicalGeneticsandGenomicsandtheAssociationforMolecularPathology.

4.KaliaSS,AdelmanK,BaleSJ,etal.Recommendationsforreportingofsecondaryfindingsinclinicalexomeandgenomesequencing,2016update(ACMGSFv2.0):apolicystatementoftheAmericanCollegeofMedicalGeneticsandGenomics[J].GenetMed.2017Feb;19(2):249-255.

5.王秋菊,沈亦平,邬玲仟,等.遗传变异分类标准与指南[J].中国科学:生命科学,2017(6).

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