遗传因素：因为遗传造成的畸形较少;疾病因素：如传染性支气管炎(IB)、新城疫(ND)、传染性喉气管炎(ILT)等，是畸形蛋发生的主要原因;蛋鸡日龄：日龄越大的鸡越容易发生。
2.薄壳无壳或软壳
遗传因素：鸡蛋还没有成熟就产下;营养因素：钙、磷、锰或维生素D3缺乏，磷或食盐过量，用维生素D2取代D3);疾病因素：呼吸道病如鸡毒支原体(MG)、IB、ND、AI、输卵管炎等;
管理因素：磺胺药的使用，环境温度过高(超过30℃)，蛋鸡在蛋壳形成时受到惊吓，灭鼠药中毒，或用福美双等处理饲料原料中的霉菌而导致药物中毒;蛋鸡日龄：日龄越大越容易发生。
3.杂色蛋
遗传因素;管理因素：鸡舍内湿度过高或过低，蛋鸡笼子上的印记;霉菌毒素尤其是赭曲霉毒素中毒。
4.质感粗糙或异常、砂壳蛋
遗传因素营养因素：日粮中钙含量过高;传染病：传支或ND、输卵管炎;管理因素：抗生素使用过量。
5.蛋壳颜色异常
褐壳蛋变白：日粮中尼卡巴嗪(抗原虫药)的使用，ND、AI、IB等传染病;白壳蛋变黄色：饲料中金霉素超过600g/t，煤气中毒，霉菌毒素尤其是赭曲霉毒素中毒;白壳蛋变褐色：水中铁元素超过0.1ppm;白壳蛋变成其他颜色：遗传因素。
6.气室歪斜或没有气室
管理因素：收集鸡蛋时操作粗暴，缺乏油脂;
疾病因素：IB,ND等
7.蛋壳上有血斑或血点
遗传因素：褐壳蛋鸡出现较多;疾病因素：输卵管的炎症;营养因素：饲料中VA缺乏、亚油酸缺乏；蛋鸡日龄的影响。
(二)与蛋黄品质有关的问题
1.蛋黄有血斑或肉斑
遗传因素：此种情况褐鸡比白鸡出现多;营养因素：VA和/或VK的缺乏(比较少出现)，VK缺乏的原因比较少见;管理因素：温度和光照的突然改变，磺胺药(主要是SQ)的使用，惊吓等;蛋鸡日龄：蛋鸡日龄越大出现越多。
2.蛋黄颜色改变
遗传因素;营养因素：使用棉籽粕、高粱作为原料时棉籽酚、鞣酸的影响，VE和/或硒的缺乏;管理因素：尼卡巴嗪的使用、舍内氨气浓度过高、抗蠕虫药(如哌嗪类)的使用;寄生虫感染：毛细线虫属寄生虫的感染。
3.蛋黄浑浊、浆糊样、橡胶样或瓷器样
营养因素：日粮中使用粗提的棉籽油，其中的锦葵酸和苹婆酸会造成上述现象;鸡蛋冻伤(-2℃以下)。
4.卵黄沉降
营养因素：硒缺乏鸡蛋蛋清稀薄
5.颜色变化
黄色与橙色的变化：日粮中胡萝卜素的改变：如是否添加海藻粉、苜蓿粉、麸皮、甘薯、食用色素、辣椒粉等;橄榄色或浅红色：棉籽粕用量超过5%;灰色或白色：营养因素：缺少胡萝卜素，使用白色谷物或高粱;疾病因素：某些疾病、毛细线虫感染;绿色：食盐过量(>100mg/kg);绿褐色：甜椒粉超过5%;橘红色：使用了红色色素。
6.扁平黄
卵黄膜太薄：鸡蛋保存过久或保存温度不当;蛋壳质量不好的间接影响;尼卡巴嗪的使用。
(三)与蛋清品质有关的因素
1.蛋清稀薄或水样
遗传因素;传染病：IB/ND;物理性因素：PH过高，因鸡蛋的呼吸作用损失CO2;管理因素：环境或保存温度过高,氨气浓度过高，磺胺药，磷源中铅含量过高，缺油，蛋箱未盖，用某些药物处理谷物(福美双)等;蛋鸡日龄的影响。
2.云雾状蛋清
管理因素：新鲜鸡蛋冷藏速度过快(低于4℃)，蛋内CO2浓度过高。
3.血斑
遗传因素：褐鸡较多;营养因素：VK(较少)或VA缺乏;管理因素：温度和光照突然变化，连续或短间歇光照，惊吓;蛋鸡日龄的影响。
4.肉斑
遗传因素：褐鸡较多，蛋壳上的颜色散落到蛋清中;营养因素：输卵管中的腐肉对白鸡意味着严重的营养缺乏;疾病因素：某种传支的早期输卵管损坏、输卵管炎症;管理因素：惊吓陈旧的血斑被误以为肉斑;蛋鸡日龄的影响。
5.颜色异常
绿褐色：B6含量过高，对于新鲜鸡蛋颜色正常;粉色：棉油或棉粕使用过多;黄色：硝乙脲噻唑(抗原虫药)。
6.腐败
绿色：多为假单胞菌或霉菌;黑色：多为变形杆菌或霉菌。
7.臭味或异味
某些杀虫剂(林丹、BHC等)的使用;鸡蛋的腐败、蛋库中存放了一些有异味的物质等。