然而，在强调商业模式重要性的同时，不少企业对于“如何设计商业模式”问题的认识却有所误解，这不仅影响了商业模式的设计效果，也是商业模式概念受到质疑的主要原因。
误解之一：弱化概念
设计商业模式的前提是认识商业模式，但理论界与实践界目前对商业模式概念均未能达成共识。概念不统一导致不少企业错误认为可以在不明确概念的基础上开展商业模式设计工作，引发了“弱化概念，强化实践”的商业模式设计思想的盛行。这突出体现在两个方面：
一方面，有些企业发现商业模式与战略、营销等已有商业概念存在很大交叉，他们往往将商业模式简单视为是表述这些已有概念的新名词，而设计商业模式也被等同为实施战略制定、开展营销策划、制定盈利模式等活动。
另一方面，还有一些企业尽管能够意识到商业模式的独特性，并且尝试融合战略、营销等不同商业要素来设计商业模式，但对“商业模式是什么”并未进行严谨深入思考，使得上述要素融合演变为要素的堆砌，难以体现出要素互动所产生的价值。
作为设计的基础，如果企业忽视或模糊了对商业模式概念的认识，那么也就意味着失去了正确的设计方向。诚然，不同企业对商业模式概念有着不同认识，但这仅会带来差异化的设计结果，并不会因此而降低设计质量。然而，不去深入理解商业模式概念，却会使商业模式设计工作走向“盈利模式”、“运营模式”等设计极端，很难造就出真正的商业模式。
应对策略
第二，辩证看待商业模式与其他商业概念的关系，但对这种关系的探索不能聚焦于整体，而应当将商业模式区分为不同的模块，如商业模式画布所区分的九模块，进一步分析不同的模块与战略、营销等概念之间的关系，这也有助于战略分析工具、营销分析工具等实践操作工具在商业模式不同模块设计中获得有针对性的应用。
误解之二：创意至上
好的创意确实凝聚着设计者丰富的经验、知识与卓越的洞察力，也很有可能造就出优秀的商业模式。然而，狂热地追求富有颠覆性色彩的创意也导致不少企业走入“只要敢想，就可颠覆市场”的误区，它们谈及商业模式必谈跨界、互联网，甚至催生出一批以开发商业模式“点子”为主要业务的企业。
受这种误区影响，企业往往只会看到京东、乐视等成功商业模式的表象，很少去认真思考“这些企业为何会设计这种商业模式”、“又是如何能够保证商业模式成功”等更深层次的问题。
商业模式的本质是一种资源与能力的集合体，没有资源与能力的支持，再优秀的商业模式创意也只能是空中楼阁。
京东如果没有完善的物流体系作为支撑，乐视如果没有丰富的节目内容作为保障，苹果如果没有强大的技术研发体系作为基础，那么将很难想象它们的商业模式会如此成功。另外，相较苹果、京东、阿里巴巴等平台型或生态型企业，实践界对App类的应用型企业的较低估值也凸显了企业独特资源与能力在商业模式中的重要价值。
第一，创新型商业模式并非是企业开展经营活动的标配，传统模式同样有其生存空间。例如，尽管超市行业已涌现出以“倍全”“有米有”等为代表的O2O模式，并且沃尔玛、家乐福也在尝试开展电商业务，但传统卖场模式依然盛行，因而与一味追求创意化设计相比，企业更应当结合自身资源与能力，思考“选择传统还是新型商业模式”的问题。
误解之三：工具神话
商业模式概念的流行催生了一大批商业模式设计工具。然而，不少企业却视商业模式设计工具为神话般的存在，认为只要精熟于工具操作就能够保证商业模式设计结果的优越性。有的企业甚至直接委托专业咨询公司来帮忙设计商业模式，这是一种懒惰且不负责任的设计方式。
商业模式设计工具与专业咨询公司报告毫无疑问具有一定的价值，但这些价值却体现为启发价值，指导企业家更好地开展思考而非代替思考，因为没有人能够比企业家自己更了解企业情况，而工具也只有被深入理解后才能够展现出使用价值。
企业家不应是工具的傀儡，而应是工具的主人，结合商业模式设计工具，充分发挥自身对环境信息的扫描与解读能力，才是设计商业模式最为有效的途径。
商业模式设计工具提供了开放性的设计思想，反映在具体的商业模式设计过程中，企业家可以结合实际情况自主地对这些工具的商业模式组成模块进行添加或**。
所有的商业模式设计工具只是用来帮助你开展创意性思考，但不会告诉你如何实现你的创意，更不会告诉你一些创意。因此，如果企业家陷入商业模式工具中不能自拔，那么也就意味着放弃了想象力。