据财税〔2016〕36号文件，代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—经纪代理服务”缴纳增值税：
（1）一般纳税人：按照适用税率6%计算销项税额，可以按规定抵扣进项税额；
（2）小规模纳税人：按照适用征收率3%缴纳增值税。
当然，这块存在一定争议。总局12366的答疑，并非正式文件，实务中仍存在征与不征两种观点，理由如下：
要征的理由：
不征的理由：
《中华人民共和国税收征收管理法》第四条第三款规定：“纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款”，可见，代扣代缴行为是征管法赋予扣缴义务人的一种强制性法律义务，扣缴义务人对此是一种义务，未按规定履行扣缴的法定义务还需要承担行政罚款的法律后果。代扣代缴行为是代理和协助国家机关行使行政职权，不属于经营性行为，而代理业，是指代委托人办理受托事项的业务。因此，代扣代缴行为属于行政义务，不属于代理业。扣缴义务人所取得的手续费返还，属于国家的收入退还，并非企业营业收入，不应征收增值税。
也有观点则认为，取得的个税手续费是政府补助，不属于服务取得收入，不应该缴纳增值税。
以下为一些地区征收口径，供参考
（一）征收地区口径：
地方口径：目前营改增后个人所得税手续费返还明确征收增值税的地区有，深圳国税、内蒙古自治区国税、厦门国税、福建国税、大连国税、安徽国税、重庆国税、辽宁国税、湖北国税、浙江国税等按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。
1、深圳国税，全面推开“营改增”试点工作指引（之一），四、代扣代缴个人所得税的手续费返还，根据现行税收法规，代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。
2、内蒙古自治区国税，全面推开营改增政策问题解答三，一、代扣代缴个人所得税的手续费返还纳税问题，根据现行税收法规，代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—经纪代理服务”缴纳增值税。
3、厦门国税，代扣代缴个人所得税返还的手续费收入如何征税？答：代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。
4、福建国税，12366营改增热点问答（7.11）于2016年7月15日发布，我公司为员工代扣代缴个人所得税，收到地税部门返还的手续费，需要缴纳增值税么？税率多少？答：需要按照提供经纪代理服务征收增值税，税率6%，征收率3%。
5、大连国税，企业从税务机关取得的代扣代缴企业所得税和增值税的手续费，是否需要缴纳增值税？如果缴纳增值税，属于哪一税目？（营改增之前，地税机关不就该项所得征收营业税。）答：按经纪代理服务缴纳增值税。
6、安微国税，12366咨询热点问答解答（2016年9月）问题三、企业为员工代扣代缴个人所得税，税务机关返还的代扣代缴收入是否缴纳增值税？
答：代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。经纪代理服务，是指各类经纪、中介、代理服务。包括金融代理、知识产权代理、货物运输代理、代理报关、法律代理、房地产中介、职业中介、婚姻中介、代理记账、拍卖等。
文件依据：《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）货劳处审核人：丁以文
8、辽宁国税：2016年10月9日咨询12366时答复要征收增值税，税目按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。
9、湖北国税：《湖北省营改增问题集》63.企业代扣代缴各税取得的手续费是否缴纳增值税？
答：根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）规定，企业代扣代缴各税取得的手续费应按照“经济代理服务”缴纳增值税。
10、浙江国税：《2017年9月热点问题汇编》请问我公司每季度收到地税返还的个税手续费是否需要缴纳增值税？
答：需要。营改增后公司取得的代扣代缴个人所得税手续费返还应按照“其他现代服务”缴纳增值税。
（二）不征收地区口径：
1、湖南国税，《湖南省国家税务局营业税改征增值税政策指引之四》（2016-12-26）二十三、保险机构代收代缴车船税以及企业代扣代缴个人所得税取得的手续费是否应当缴纳增值税？
答：保险机构代收代缴车船税以及企业代扣代缴个人所得税的行为，均属于履行税收法律、行政法规明确的法定扣缴义务，不属于销售服务范畴，不征收增值税。
小结：虽然总局明确了执行口径，但毕竟只是答复层面，还没有单独发文明确，绝大多数地区目前对这块是征缴增值税的，因此，建议纳税人还是要与当地的主管税务机关进行沟通确认是否征税，避免涉税风险。
三、企业所得税
因此，代扣代缴的个人所得税手续费返还属于上述文件规定的征收范围，要计入企业所得税的收入总额中。如果代扣代缴个人所得税手续费用用于奖励办税人员的，一般也是允许税前扣除的。
四、个人所得税
企业将税务机关返还的手续费奖励（或发放）给财务人员或办税人员，是否要缴纳个人所得税？
可以参考的文件有两个：
1）、《财政部国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》（财税字[1994]20号）“二、下列所得，暂免征收个人所得税：（五）个人办理代扣代缴税款手续，按规定取得的扣缴手续费。”
2）、《国家税务总局关于代扣代缴储蓄存款利息所得个人所得税手续费收入征免税问题的通知》（国税发[2001]31号）第二条规定，储蓄机构内从事代扣代缴工作的办税人员取得的扣缴利息税手续费所得免征个人所得税。
有些人认为，根据财税字[1994]20号文的精神，如果手续费是奖励给办税人员，则可免交个人所得税；给非办税人员，则要交个人所得税。
笔者认为，企业代扣代缴个税时，扣缴义务主体是企业，不是办税人员，只是具体办理时企业委派办税人员去办理的，如前文所分析，企业对该人员的办税劳动已支付正常报酬。
因此，[1994]20号文的免税规定，是针对个人作为扣缴义务人时，取得的扣缴手续费可免个人所得税。因此，将扣缴手续费无论是奖励给办税或非办税人员时，和其他正常发放的奖金一样，合并申报个人所得税。
问：扣缴单位收到主管税务机关返还的手续费，将部分手续费奖励给财务人员或申报人员，是否合并被奖励人员当月工资、薪金所得？
本文参考和引用了公众号小颖言税、税海涛声以及税屋网的部分内容，在此表示感谢。
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