青岛市疾病预防控制中心高通量基因测序仪(含配套试剂耗材)采购需求

青岛市疾病预防控制中心高通量基因测序仪(含配套试剂耗材)采购需求

1、项目概况:高通量基因测序仪(含配套试剂耗材)采购项目

2、本项目预算金额:本项目预算金额为15400000.00元。资

3、采购人信息:

名称:青岛市疾病预防控制中心

地址:青岛市山东路175号

联系方式:0532-85650290

二、采购需求

1.项目说明

1.1本章内容是根据采购项目的实际需求制定的。

地方标准或者其他标准、规范,中标人供货时应当提供有关货物的

合格证明材料等。

1.3投标人应保证货物是全新、未使用过的合格产品。并完全符

合合同规定的质量、规格和性能的要求。中标人应保证所提供的货

物经正确安装、正常运转和保养后,在其使用寿命期内应具有满意

的性能。在货物质量保证期内卖方应对由于设计、工艺或者材料的

缺陷而发生的任何不足或者故障负责。所投产品应提供详细的技术

资料,应有检测报告等详细资料。

2

1.4进口产品是指通过中国海关报关验放进入中国境内且产自

关境外的产品。

政府采购应当采购本国产品。采购人确需招标采购进口产品的,

应在招投标活动开始前,按照财政部《政府采购进口产品管理办法》

(财库〔2007〕119号)文件规定办理审核手续,通过财政部门审核

后,方可招标采购进口产品,否则采购人不得招标采购进口产品,

投标人不得提供直接进口或者委托进口产品(包括已进入中国境内

的进口产品)。

采购人或采购代理机构在采购进口产品时不得拒绝国产相同质

量产品的制造商或代理商参与投标。

2.招标产品技术规格、要求和数量(包括附件、图纸等)

详见附录1。

附录1:

序号货物名称技术参数单位数量备注

1高通量基因测序仪详见“采购明细详细内容附件”序号1-7项要求套2

单价采购预算及最高限价:¥570.01万元/台

2高通量基因测序仪配套详见“采购明细详细内容附批1

采购预算及最高限

3试剂耗材件”序号8项要求价:¥399.98万元)

采购明细详细内容附件:

序号设备参数要求

1整体要求

1.1设备用途:适用于新型冠状病毒肺炎、不明原因肺炎、

不明原因感染等突发和新发公共卫生事件的快速应对,

快速检测致病源;适用于微生物全基因组测序、全外显

子测序、转录组测序、全基因组小RNA测序、靶向测序、

微生物宏基因组分析、病毒基因组变异研究、甲基化研

究等。

1.2满足自动化、高通量测序需求。

2技术参数

★2.1数据通量:主机测序每次反应测序数据产出量最高可达

300Gb。

2.2高通量测序平台数据读取模式:单端读取序列和双端读

取序列。

2.3测序原理:采用光学原理的基于可逆终止子边合成边测

序技术,使用荧光信号确认碱基种类,每次只读取一个

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碱基,保证最终的核酸序列质量。

2.4新冠捕获技术原理:采用多重PCR技术获得新冠病毒的

基因组全长,获得产物直接用于二代和三代基因组测序,

分析新冠病毒全长。

2.5适用的样本类型:鼻咽拭子、灌洗液、胸积水、脑脊液、

全血、血清、血浆、尿液、粪便、石蜡包埋蜡块、纯培

养的细菌、病毒和寄生虫、环境标本等。

2.6新冠全基因组序列采用PCR技术,全部捕获需不超过3

小时完成。

2.7提供未知病原检测RNA建库方案,RNA起始量≦500pg;

起始量≦1ng。

2.8平台数据读长:单端读取序列,读长至少包括50bp、100bp

和150bp;双端读取序列,读长至少包括2×50bp、

2×100bp和2×150bp。

2.11不同样品并行性:提供≥380个样品的index(条码)混

合接头。

2.12样本和芯片加载便利性:无需任何样本加载系统、无需

任何装载系统。

2.13实验过程生物安全性:整个设备实验过程封闭,无人员

5

接触,无废液、废气外排。

★2.14检测突变频率低于0.1%。

2.15测序数据准确性:测序结果给出严格的Q30质量数据,

当2×150bp测序时,Q30值≥75%。

★2.16全基因组测序覆盖度(coverage)≥99%。

2.17测序过程中标签跳跃(IndexHopping)现象≤0.0001%。

2.18测序结束后,不需进行液流流路的冲洗维护,操作简便,

2.19测序系统主机内置服务器,提供同品牌整合在测序仪内

的App版本优化的生物信息学分析软件。

2.20测序仪内置生物信息分析加速器,提供准确的超快速基

因组分析功能,操作系统安全稳定。

3生物信息分析系统

3.1新冠病毒全基因组分析软件模块

3.1.1可对主流的二代测序平台和三代测序平台产生的测序结

果进行新冠病毒全基因组序列分析,具备自动完成新冠

病毒全基因组序列拼接等功能。

3.1.2图形化操作界面,无需命令行输入,从下机数据到结果

报告仅需一键式操作;下机数据自动生成病毒基因组溯

源进化树;用户可以自主添加序列信息,从而生成新的

进化树。

★实现96个样本的批量处理,可对接最新测序平台。

6

3.1.3

3.2流感病毒基因组分析模块

3.2.1从下机数据到结果报告仅需一键式操作。

3.2.2实现96个样本的批量处理,完美对接新一代测序平台。

3.2.3直接识别流感病毒关键位点的变异,区分不同亚型。

3.3未知病原体高通量测序分析软件模块

3.3.1可兼容二代测序和三代测序的下机数据;从下机数据到

结果报告仅需一键式操作。

3.3.2分析2GB大小的测序数据1h内完成分析。

3.3.3数据库包含≥8000种病毒,≥9000种支原体和细菌,

≥1000种真菌和寄生虫。

3.3.4提供结果数据的reads数目做图统计功能,相对reads

做图统计功能,物种树分析功能;提供结果报告图片和

病原拼接序列结果的导出功能,用于未知病原体鉴定。

3.3.5内含≥300种常见病原注释信息,并且用户可自定义加

入病原,用于常见病原的识别。

3.4宏基因组病原鉴定、抗性基因和毒力基因分析软件模块:

可进行毒力基因和耐药基因的鉴定功能,包含KEGG、VFDB

在内的多个数据库。

3.5细菌全基因组拼接和鉴定软件模块

3.5.1具备细菌全基因组拼接功能;可进行进化树分析。

3.5.2可进行毒力基因和耐药基因的鉴定功能,包含KEGG、VFDB

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3.6数据分析服务器:处理器;内存≥64GB,2400MTs;硬盘

≥16TB7.2KRPMSATA6Gb/S;配置有线鼠标和键盘,

16XDVD-ROMSATA光驱;显示器≥27英寸。

3.7处理器CPU≥十四核二十八线1.7GHZ。

4高通量测序平台数据分析系统

4.1操作系统:支持windows、Mac或linux三种操作系统

之一。

4.2操作界面:可视化操作窗口,无需命令行编程经验,不

需要编写linux命令。

4.3数据识别:支持不同测序平台的数据导入和分析,包括

一代测序数据Sanger平台;二代测序平台数据,如

SOLID、LifeIonTorrent、CompleteGenomics、

Roche454、IlluminaGenomeAnalyzer;三代测序数据,

如PacBio平台。

4.4信息接口:提供下载Hg19或Hg38及其他生物的参考序

列及注释信息的接口。

4.5分析流程:支持创建和修改workflow,实现拓展或自定

义分析流程。

4.6功能模块:可以进行DNA-seq、RNA-seq、Chip-Seq、

Bisulfite、miRNA、Microarray、16S/宏基因组序列拼

接组装、SNP检测、多样本分析、数字基因表达、小RNA

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分析、标签表达谱、表观基因组学分析、EST文库构建、

系统发育分析、聚类分析等数据分析以及服务器整合和

定制化服务。可实现传统分子生物学分析工具的功能,

如从头组装、引物设计、序列比对、SNP分型、系统发

育树分析、聚类分析等。

4.7结果展示:可以创建GenomeBrowserTrack,可视化查

看分析结果。可以监控、暂停和终止分析过程、记录分

析日志。

4.8微生物插件:配备微生物MicrobialGenomicsModule

插件和GenomeFinishingModule插件,实现宏因组、

微生物组靶标序列和全基因组的多样性、功能及分型研

究。软件及插件可实现每季度进行更新。

4.9批量工作:支持批量上传和批量分析数据。

4.10软件更新和维护:软件基于云端,包含大于六百六十万

条来自私有数据库、公共数据库和文献的记录,每季度

进行数据库和功能的更新。

4.11分析功能:经典通路富集;上游调控因子;因果关系网

络分析;BioProfiler;构建调控机理网络;分子活性预

测;相互作用网络;匹配分析;磷酸化调控分析;microRNA

靶标过滤;转录本分析;比较分析。

4.12搜索功能:可以基于基因、化合物、通路、疾病、功能

对数据库进行插叙;图片处理:可以对通路图,基因,

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化合物,细胞结构等进行颜色、字体等调整;导出功能:

可以到处数据、表格、图片、通路图。

4.13免费维护5年。

4.14数据分析服务器:处理器至少CPU十四核二十八线1.7

GHZ;内存≥64GB,2400MTs;硬盘≥12TB7.2KRPMSATA

6Gb/S;配置有线鼠标和键盘,16XDVD-ROMSATA光驱;

显示器≥27英寸;

5荧光定量PCR仪

5.

1

通道数:6色激发光滤光片和6色检测光滤光片可

自由组合,最多检测21种不同的荧光光谱。

5.2模块规格:支持4种模块,标准96孔模块;快速96孔

模块;384孔模块;微流体芯片模块;模块可自行更换。

5.3支持耗材:国际标准96孔(0.2mL)反应板与光学盖膜,

0.2mL八连管,0.2mL单管;384孔反应板与光学盖膜,

微流体芯片。

5.4温控模块最大变温速率:≥9.0°C/秒;样本最大变温速

率≥4.8℃/秒;

5.5光学系统:高亮度白光LED光源(寿命>5年),6色激发

滤光片,6色检测滤光片、CMOS成像;

5.6精确数码温控模块:6个独立的精确数码温控区域,可

以同时实现24个可以独立的精确控温的温度设置;

5.7被动参照染料:软件支持Rox荧光校正去除移液误差;

5.8数据同时采集:所有反应孔同时采集荧光数据,不同孔

5.9人脸识别:支持人脸识别功能,自动登入个人账户;

5.10RFID射频识别反应板:RFID智能识别微流体芯片;

5.11内置触摸屏电脑,触摸屏电脑可备份还原超过300次的

实验数据;仪器触摸屏提供一键式的实验方案,可快速

地设置多种应用。

6PCR热循环仪

6.1最大模块变温速率:≥6.0℃/秒;最大样本变温速率:

≥4.4℃/秒

6.2温度范围:0-100.0℃;

6.3≥6组独立控温区域,可精确设置6个不同温度

6.4支持区间温差最大5℃,整体25℃;允许区间最大10℃,

整体30℃;

6.5以太网或Wi-Fi连接网络;

6.6联机操控:无需购买软件,允许多台机器在同一局域网

内相互连接,并设置由其中一台来操控;

6.7采用配套的控制软件,可以集中管理和控制多台不同型

号PCR仪;

6.8内置模拟模式,可模拟主流PCR仪热学性能。

7每套仪器配置要求

7.1满足招标参数的基因测序仪主机:1台;

7.2满足招标参数的测序仪内置操作软件和内置数据分析软

件:1套;

7.396孔板离心机:1台;

7.4满足招标参数的流感病毒生物信息分析模块:1套;

7.5满足招标参数的未知病原分析模块:1套;

7.6满足招标参数的数据分析服务器:2套;

7.7满足招标参数的新冠病毒序列分析模块:1套;

7.8满足招标参数的细菌16S真菌18S全长鉴定和分析软件:

1套;

7.9满足招标参数的毒力基因和耐药基因分析软件:1套;

7.10满足招标参数的细菌全基因组拼接和鉴定分析软件:1

套;

7.11满足招标参数的高通量测序平台数据分析系统:1套;

7.12核酸定量分析仪(含定量试剂2套):1台;

7.1396孔板振荡器:1台;

7.1496孔板磁力架:1台(含5套深孔板);

7.151.5–2mL微量离心管适配16孔磁力架:1台;

7.16新型冠状病毒全基因组捕获、建库、标签、测序等试剂:

7.17满足全基因组测序工作需要的荧光定量PCR仪:1台;

7.18满足全基因组测序工作需要的PCR热循环仪:1台;

7.19数据信息储存系统:2台

8投标人所投高通量基因测序仪配套试剂耗材(采购预算

及最高限价:¥399.98万元)

8.1适用性:用于新型冠状病毒全基因组的扩增捕获、高通

量测序的建库及高通量测序实验,能够准确发现新的变

异、新的毒株,追踪病毒变异情况;

8.2捕获试剂

8.2.1灵敏度:仅需少量RNA(<0.5ng);

8.2.2适合CT值≤33的新冠样本全基因组捕获,捕获效率≥

99%;

8.2.3试剂盒搭配同品牌软件分析,可自动扣除扩增引物序列,

从而鉴定突变位点,识别突变株;

8.3建库试剂

8.3.1能够用于以上新冠捕获产物的建库,建库质量稳定,操

作简单;

8.3.2标签数量≥96种,与测序平台配套;

8.4测序试剂

8.4.1测序试剂盒测序读长:2*150bp;

8.4.2数据产出:至少120G的数据产出;

8.4.3质量分值:Q30≥75%;

8.4.4适用机型:配套测序平台使用。

★8.5数量要求

8.5.1测序仪配套新冠病毒全基因组测序上机前试剂,1530人

8.5.2测序仪配套上机试剂盒,3038人份

3.商务条件

★3.1交货期

合同签订后20日内交货并安装调试完毕。

3.2交货地点

招标人指定地点。

★3.3付款方式

合同签订后,进场验收且财政资金到位后,预付预算金额的30%

(¥462万元),安装调试、验收合格后,中标人向招标人支付合同

金额的10%作为质保金并向招标人开具合同金额100%的发票,招标

人自收到发票之日起5个工作日付款至合同金额的100%,质保金待

质保期满后无质量问题一次性无息付清。

3.4验收

3.4.1货物运抵现场后,采购人将对货物数量、质量、规格等进

行检验。如发现货物和规格或者两者都与招标文件、投标文件、合

同不符,采购人有权限根据检验结果要求中标人立即更换或者提出

索赔要求。

3.4.2货物由中标人进行安装,完毕后,采购人应对货物的数量、

质量、规格、性能等进行详细而全面的检验。并提供装订成册的中

文使用说明书、操作手册等资料,验收7日后,证明货物质量无任

何问题,由采购人组成的验收小组签署验收报告,作为付款凭据之

一。

3.5质量保证期

★3.5.1设备质保期:自验收合格之日起1年,国家主管部门或

者行业标准对货物本身有更高要求的,从其规定并在合同中约定,

投标人亦可提报更长的质保期。

★3.5.2配套试剂耗材有效期:自验收合格之日起配套试剂耗材

有效期≥6个月。

3.5.3质量保证期及配套试剂耗材有效期内,如果证实货物是有

缺陷的,包括潜在的缺陷或者使用不符合要求的材料等,中标人应

立即免费维修或者更换有缺陷的货物或者部件,保证达到合同规定

的技术以及性能要求。如果中标人在收到通知后5天内没有弥补缺

陷,采购人可自行采取必要的补救措施,但风险和费用由中标人承

担,采购人同时保留通过法律途径进行索赔的权利。

3.6售后服务

3.6.1中标人应提供及时周到的售后服务,应保证每季度至少一

次上门回访、检修。

3.6.2中标人在接采购人通知1小时做出响应,6小时内到达现

(机)备件。

★3.6.3配套试剂耗材有效期满60日前,中标人免费为招标人

更换同品牌型号的最新批次试剂耗材。

3.6.4中标人免费为采购人提供中文操作手册并培训操作人员,

其中包括讲解产品的结构以及原理、产品的使用以及维护保养,直

至操作人员能够独立的操作使用。

1.《财政部国家发展改革委关于印发〈节能产品政府采购实施

意见〉的通知》(财库〔2004〕185号);

2.《国务院办公厅关于建立政府强制采购节能产品制度的通知》

(国办发〔2007〕51号);

3.《财政部环保总局关于环境标志产品政府采购实施的意见》

(财库〔2006〕90号);

4.《政府采购促进中小企业发展管理办法》(财库〔2020〕46

号);《财政部司法部关于政府采购支持监狱企业发展有关问题的

通知》(财库〔2014〕68号);

5.《关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》财库[2017]141

号;

6.其他政府采购制度办法。

本项目采购需求公示期限为3日历天。

五、意见反馈方式

本项目采购需求方案公示期间接受社会公众及潜在供应商的监

督。

请遵循客观、公正的原则,对本项目需求方案提出意见或者建

议,并请于采购需求公示期限结束前将书面意见反馈至采购人或者

采购代理机构,采购人或者采购代理机构应当于公示期满5个工作日

内予以处理。

不满意的,异议供应商可就有关问题通过采购文件向采购人或者采

满意的,异议供应商可以向采购人或同级财政部门提出投诉。

THE END
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6.华大基因PMseq?病原微生物高通量基因检测可一次性检测上万种病...这一体系旨在为科学决策提供依据,通过加强微生物耐药监测与报告,及时掌握微生物耐药情况,从而制定和调整防控策略,以遏制微生物耐药的发展与扩散。在此背景下,针对微生物的耐药机制,华大基因推出PMseq?病原微生物高通量基因检测,PMseq?病原微生物高通量基因检测对混合感染具有很强的识别能力,且在耐药方面,PMseq?...https://www.zealer.com/detail/1559272
7.病原微生物高通量测序检测CTI华测检测医学实验室按照国家卫生健康委员会、ISO15189及CAP等法规和标准设立,采用国际知名研究机构的先进管理体系,与全球顶尖医学检验机构开展广泛合作,为您提供医学检测相关的病原微生物高通量测序检测服务。 咨询报价 关键字 基因检测 感染源筛查 病原体筛查 ...https://www.cti-cert.com/service/17138/17877.html
8.病原体检测技术详解行业新闻新闻中心等温扩增支原体检测近年来发展起来的病原微生物高通量检测技术样本需要量少、快速省时、无污染、诊断结果精确、自动化程度高,相信随着研究的不断进展和深入,这些高通量诊断技术和方法必将在病原微生物的诊断分析方面起到越来越重要的作用,而多种检测技术的联合和综合更是有着广阔的应用前景。https://www.gendx.cn/article.php?id=137
9.成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识(2023)@MedSci病原体的快速检测和准确诊断是感染性疾病有效治疗的重要前提,但仅依靠传统微生物学及免疫学技术,近70%的患者无法明确病原学诊断[3]。 近年来,随着病原体单靶标聚合酶链反应(PCR)、以症候群为基础的病原体多重PCR技术、微流控芯片技术、数字PCR技术、宏基因组高通量测序(mNGS)技术以及多重病原靶向测序(tNGS)...https://m.medsci.cn/article/show_article.do?id=964be9198375
10....500基因肿瘤高通量基因测序20参照国家发展计划委员会(计价格[2002]1980号)《招标代理服务收费管理暂行办法》规定的收费标准,由中标人须向招标代理机构缴纳中标服务费。以费率或单价进行报价的项目,计费基数为预算金额。 七、公告期限 自本公告发布之日起1个工作日。 八、其它补充事宜 http://www.ccgp-beijing.gov.cn/xxgg/sjzfcggg/sjzbjggg/t20220516_1426742.html
11.靶向第二代测序技术在病原体检测中的作用https://www.hanspub.org/journal/acm https://doi.org/10.12677/acm.2024.141101 靶向第二代测序技术在病原体检测中的作用 罗宁*,何泰瑜,康娟,张大志# 重庆医科大学附属第二医院感染科,重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室,重庆医科 大学病毒性肝炎研究所,重庆 收稿日期:2023年12月17日;录用日期...https://www.hanspub.org/journal/PaperDownload.aspx?paperID=79347
12.临床NGS数据中的病原微生物检测病原高通量检测技术,基于宏基因组“撒网式”的检测方法,通过微生物专用数据库比对和智能化算法分析,全面覆盖真菌、细菌、病毒、寄生虫等病原微生物,针对疑似危重或不同感染症候群,可以快速实现感染性疾病的精确诊断。 诚然,基于高通量测序技术的病原菌具有其显著的优势 ...https://www.yunbios.net/detection-of-microorganisms_in_clinicalNGSdata.html