包埋法是将酶包埋在高聚物的细微凝胶网格中或高分子半透膜内的固定化方法。优点是方法简便，条件温和，稳定性好，并且有较高的细胞容量。缺点是在固定化细胞的包埋材料的有无毒性及某性能，固定化细胞的强度及无杂菌性等方面还存在不足。
包埋法的优点
1，方法简便，将细胞与单体或聚合物一起聚凝，细胞被包埋在形成的聚合物之中。
2，条件温和，可选用不同的聚合物载体，不同的包埋系统和条件，以保持细胞的酶催化活性。
3，细胞不易渗漏，稳定性好。
4，有较高的细胞容量，聚合体中的细胞含量可达40%-70%。
包埋法的缺点
由于固定化细胞技术不够成熟，在固定化细胞的包埋材料的有无毒性及某性能，固定化细胞的强度及无杂菌性等方面还存在不足，固定化细胞技术主要用于污水处理。
要将固定化技术更好地用于生产食品，药品等方面，就必需研究出更多更好的无毒价廉的包埋材料，不断探索出提高固定化细胞强度的方法。
凝胶包埋法
凝胶包埋法常用的载体有海藻酸钠凝胶、角叉菜胶、明胶、琼脂凝胶，卡拉胶等天然凝胶以及聚丙烯酰胺、聚乙烯醇和光交联树脂等合成凝胶或树脂。
天然凝胶采用溶胶状天然高分子物质在酶存在下凝胶化的方法，包埋时条件温和、操作简便，对酶括性的影响甚少，但强度较差。合成的高分子则采用合成高分子的单体或预聚物在酶存在下聚合的方法。
合成载体的强度较高，但需在一定的条件下进行聚合反应才能把酶包埋起来，聚合反应的条件往往会引起部分酶的变性失活，所以包埋条件的控制非常重要。
如聚丙烯酰胺包埋是最常用的包埋法，制备时在酶溶液中加丙烯酰胺单体和交联剂N，N-亚甲基双丙烯酰胺，在氮气的保护下，加聚合反应催化剂四甲基乙二胺和引发剂过硫酸钾等使其在酶分子周围进行聚合，形成交联的高聚物网络，酶分子便被包埋在刚聚合的凝胶内。
微胶囊包埋法
微胶囊型包埋即将酶包埋在各种高聚物制成的半透膜微胶囊内的方法。常用于制造微胶囊的材料有聚胺、火棉胶、醋酸纤维素等。
用微胶囊型包埋法制得的微囊型固定化酶的直径通常为几微米到数百微米，胶囊孔径为几埃至数百埃，适合于小分子底物和产物的酶的固定化，如脲酶、天冬酰胺酶、尿酸酶、过氧化氢酶等。
此法需要一定的反应条件和制备技术，被包埋的酶不易流失。其制造方法有界面聚合法、界面沉淀法、二级乳化法、液膜（脂质体）法等。