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在包埋时，要求采用镊子轻压组织块拱起部分，使之平贴于包埋膜底部。像胃，肠切缘等组织，脱水后常会扭曲，不在一个平面上，应该先用双手将之扭正，然后再包埋。
包埋用的石蜡熔点一般选择58-62℃，根据实验室室温的差异和切片的习惯选择不同熔点的石蜡。不提倡冬天使用软蜡夏天使用硬蜡的做法，因为用软蜡包埋的蜡块，到了夏天，如果档案室内没有空调，蜡块就会粘在一起，很难重新切片，不利于资料的长期保存。而且即使在冬天，切片的蜡块也需要一定的硬度，不存在软蜡比硬蜡好切的现象。
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