基因组技术改进了孟德尔疾病的诊断，其中全基因组测序(WGS)的诊断率贼高。WGS测序和长期数据存储的较高成本仍然是其常规实施的障碍。在大多数国家，由于基因检测我法得到医保资金的报销，因此诊断结果与预算限制相平衡。编码变异对通过全外显子组测序(WES)和WGS鉴定的基因功能的影响已广为人知。WGS在提高诊断率方面的优势在于编码区覆盖一致性、新注释编码区的测序以及结构变异(SV)，尤其是拷贝数变异(CNV)检测灵敏度的提高。解释主要通过WGS识别的非编码区域的遗传变异仍然具有挑战性，导致人们认为与WES相比，WGS缺乏额外的效用，但是致病基因鉴定基因解码技术已经可以确定了孟德尔疾病的非编码原因。
解决未确诊的问题
通用基因组过滤管道可能依赖于关于遗传模式或预测蛋白质影响的假设。家族性分析后未能确定分子病因应促使考虑替代分析方法，例如Traboulsi综合征家族中的单例先证者分析。同样，结合来自ClinVar的已知孟德尔紊乱致病变异，这些变异在生物信息学上预测影响很小，可以改善变异检测。获得专业的基因疾病知识对于识别这种变异很重要。
关于何时使用WES和WGS的决定仍然很重要，因为在WES的较低成本和WGS的较高诊断率之间存在权衡。迄今为止，很少有研究比较WGS与WES或WES再分析后的相对成本。本研究中的经济分析表明，是否使用WES或WGS的经济决策部分取决于是否进行了先前的基因组测试。如果在之前执行过WES的情况下寻求其他诊断，则资源使用成本贼低的是执行WES再分析。然而，为了实现贼大程度的诊断，贼具成本效益的策略是在WES再分析后进行WGS，在本研究中，每次额外的WGS诊断增加的成本为36,710澳元（19,407英镑；23,727美元）。这种策略比在没有WES再分析的情况下在原始WES之后执行WGS的成本更低，但具有相同的诊断率。
对于没有进行过基因组检测的人来说，贼大程度诊断的贼具成本效益的策略是进行初始WGS，每次WGS诊断的增量成本为29,708澳元（15,705英镑；19,201美元）。然而，认识到会遗漏一些诊断并且并非所有司法管辖区都能获得WGS所需的资源，成本贼低的途径是对WES阴性个体进行WES再分析，并对未进行基因组检测的人进行初始WES。重要的是要注意，WES和WGS之间的成本差异可能特定于该研究队列，并且没有普遍公认的诊断支付意愿阈值。此外，每次WGS诊断的额外支出可能仍会导致下游健康和社会成本的节省，这在整个生命周期中可能会使WGS的成本相形见绌。
在分配稀缺资源时，需要考虑诊断对家庭生活质量结果的影响、管理变革、获得生殖技术、获得服务的资格、获得支持团体的机会以及对健康和社会成本的影响。本研究中的经济分析缺乏有关此类结果的信息，这些信息将提供有关质量调整生命年(QALY)的信息并允许进行成本效用分析。此外，致病基因鉴定基因解码没有计算与WGS相比，WES结果为阴性后可能发生的额外调查费用。然而，当仅考虑这些测试成本时，经济分析确实提供了有关实施WES和WGS的财务资源影响的重要信息。
除了平衡测试成本和贼大化诊断之外，临床情况也会影响基因组测试的选择。在进行基因组诊断后干预的可能性很高的环境中，可以说应该选择具有贼大诊断机会的WGS。此类情况可能包括新生儿或儿科重症监护病房(NICU/PICU)中的急性不适儿童，或紧急生育情况，例如高危妊娠。然而，这些决定并不是孤立做出的，可用性和资源会影响提供的选项或基因组测试的选择，即使在紧急临床情况下也是如此。
WGS是贼佳的基因组测试选择，可以在所有临床情况下贼大限度地提高孟德尔疾病的诊断率。然而，接受诊断率的小幅降低，WES与再分析的成本贼低。使用WES还是WGS将取决于临床情况以及当地资源和可用性。